GENOM 2005(生物基因研究与数据分析工具)

　　GENOM 2005是一款多功能数据分析与图纸设计工具，支持对Affymetrix阵列的微阵列进行分析；主要用于分析阵列实验(例如，来自提供商Affymetrix),它包括其他基因信息，多种分析方法，带有编辑器的自动途径作图，功能预测等等工具;支持生物DNA分析，程序为每个信号以不同的颜色显示数据，用户可以快速浏览数据，每行显示每个探针集的基因名称和登录号；程序支持3D视图浏览功能，用户可以在3D视图中在阵列上显示每个信号，与另一个阵列进行比较时，可以轻松找到有趣的探针组，您还可以按基因功能或基因位置对信号进行排序；需要的用户可以下载体验

软件功能

　　基因表达图

　　这是一个带有一个数组的图。它显示每个探针组的条形图。

　　染色体位置

　　此视图按其在染色体上的位置显示所有探针集顺序。

　　基因表达过程

　　此屏幕快照显示了一个图形，其中每个探针组均由一条线表示。它显示了不同时间之间基因的上/下调节。

　　通路视图

　　此屏幕快照显示了已加载的路径，该路径直接与您已加载的阵列数据结合在一起。

　　路径编辑器

　　使用此集成的地图编辑器，您可以轻松创建新路径或编辑现有路径。

　　基因功能预测

　　通常，您没有关于探针集的信息，因为它是EST或以前没有进行过分析。

　　使用此模块，您可以通过BLAST搜索（在线）从探针集或自定义序列中获取新信息。

　　然后将显示可能的新基因功能。

软件特色

　　PubMED研究

　　PubMED是全球最大的医学文章数据库（托管在Ncbi网站上）。该模块搜索该数据库，并将相关结果返回给输入的术语（或基因）。

　　MeSH研究

　　MeSH（医学主题词）提供了有序的术语来改善例如PubMED的搜索。

　　基因网络

　　PubMED摘要中描述的基因之间的关系在此处显示为关系图。

　　基因芯片的基因功能

　　该算法将表格中的数据与您先前过滤的基因的所有基因功能一起显示在表格中，或者可以对整个阵列进行处理。

　　阵列的基因本体论

　　这样可以在类似GeneOntology的视图中显示基因功能。

　　探针组信息

　　基因信息对话框。在这里，您可以从搜索到的查询中获得更多详细信息，例如序列，描述等。

　　探针组详细信息

　　在此屏幕截图中，您可以直接访问链接以获取有关查询的更多信息。

　　与其他程序不同，您可以单击链接直接访问结果页面，而无需填写网络表单。

　　探头功能

　　该基因的另一个GeneOntology图从该基因起作用。

　　互联网研究

　　在此屏幕截图中，您可以看到直接链接，以获取有关查询的更多信息。

　　与其他程序不同，您可以单击链接直接进入结果页面，而无需填写网络表单。

　　集群视图

　　这个集群很容易制作。它显示了在图表中配对在一起的最相等的值。

　　散点图

　　来自聚类算法的另一种观点。

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　5、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮

　　6、桌面快捷键的创建可以根据用户的需要进行创建，也可以不创建

　　7、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

使用说明

　　所有加载或手动创建的图像都显示在画布上。使用菜单项“编辑”>“旋转90度”将画布按顺时针方向旋转90度。该过程可以根据用户需要重复进行。

　　其他菜单选项编辑（画布）

　　中心为中心在画布上的图像

　　过滤器的过滤器的图像表示选择

　　最近的

　　线性的

　　花键

　　兰佐斯

　　米切尔

　　缩放以放大和缩小

　　图像处理用于图像处理的功能（请参阅第3.3节）

　　剪切和剪切以剪切和粘贴由鼠标标记的区域（按住鼠标右键并移动鼠标）

　　工具栏图像编辑

　　颜色指示和对象识别极限值的定义

　　颜色表示： 将鼠标指针移到图像上时，触摸的像素的颜色比例将显示在红色，绿色和蓝色字段中。要定义相关像素的颜色平均值，请同时按下按键STRG。自动计算的平均值将被缓冲，并显示在红色，绿色和蓝色字段中。请按S键，将计算出的平均颜色值加载到“ 限制对象识别值”窗口中。

　　图9.平均颜色值和正/负最大值

　　要应用红色，绿色和红色字段中显示的值对于对象标识为蓝色，您必须按添加按钮（参见图9）。将颜色值以及达到的最小值和/或最大值插入表格中，并考虑用于对象识别。通常，可以在此处添加更多值。

　　在物体上移动时，建议放大图像以避免穿过物体边缘。 请注意：按R键删除颜色值缓冲区的所有条目。因此可以定义新的平均颜色值。刚刚描述的过程也可以直接在用于对象识别的掩码极限值中执行。寻找所需的图像细节（必要时放大），并保持键按下STRG并用鼠标指针移动必须确定极限值的图像部分。通过按S键，结果将显示在右侧窗口中（必须先激活预览选项）。若要在图像区域上移动鼠标时已经看到结果，则必须激活选项立即应用极限值。如果将红色，绿色和蓝色字段中显示的值用于对象识别，请按添加按钮。

　　图10.分析三个图像区域并确定用于对象识别的相应公差值

　　背景识别： 确定整个对象区域需要与背景区分开。类似于颜色表示一节中所述的方法，并将所有确定的背景色值保存在列表中，以进行背景识别的极限值。

　　极限值的自动扩展：

　　请注意，此功能的有效背景识别必不可少。

　　此功能分析所有无法分类的像素（黄色），并尝试将其自动分配给两组（对象或背景）之一。可以进行分配，以像素匹配组的方式扩展相应组的极限值。

　　通过激活选项“ 考虑距离 ”，还可以对像素进行分类，从而可以在两组中分配两种颜色。在这种情况下，将根据第三种颜色的较小距离来选择组。

　　选择复选框“ 限制搜索范围 ”以缩小此功能的分析图像范围。在这种情况下，将不会分析整个图像，而只会分析左侧窗口中的可见区域。图像部分可以使用缩放和滚动条进行修改。

　　灰度表示：

　　原则上，该过程与之前描述的过程相同。而不是三个基本颜色值，而是显示灰色调。在此，不是确定相关像素的颜色平均值，而是确定最大值。

　　图11.以灰度表示的对象识别极限值

　　在图11中，您可以看到一些定义的极限值，用于识别非常暗（0-50）和明亮（200-255）的对象。

　　黑白表示：

　　仅识别灰阶为0（黑色）的对象。所有其他值都将被忽略。

　　3.2将极限值应用于图像

　　为了将确定的极限值（请参阅第3.1章）应用于图像，您必须激活复选框将极限值应用于图像。计算过程开始，结果以黑色/黄色表示。黑色表示可以识别该对象并将其用于分析。要检查已识别的对象，可以按按钮“ 原始图像”或按键[ O ]。因此，您可以非常快速地在两种表示形式（原始和黑色/黄色）之间切换。

　　图12.原始图像和物体识别

　　以灰色表示的区域已被识别为背景。该区域将不考虑进行分析（对象区域计算）。总对象区域（黄色和黑色）将显示在下方状态栏中。

　　3.3图像处理

　　该程序提供了大量的过滤器和功能，可以优化图像以进行分析。

　　过滤器和功能：

　　均匀平滑

　　高斯平滑

　　增强重点

　　增强细节

　　减轻

　　变暗

　　浮雕过滤器

　　水平边缘检测

　　垂直边缘检测

　　边缘检测

　　灰度转换

　　黑白转换

　　软绘图

　　对比

　　锐化

　　浮雕

　　模糊

　　减少色彩

　　图12.1图像处理

　　可以从ComboBox中选择特定的滤镜和功能。如果启用了选项“ 预览 ” ，则所选过滤器将输入到列表中并立即应用于图像。可以选择任意数量的过滤器。甚至同一过滤器也可以被多次选择。

　　过滤器列表的处理始终是从上到下。这意味着，第一个滤镜的结果图像将是下一个滤镜的输入图像，依此类推。可以使用“位置”按钮或通过“弹出”菜单（鼠标右键）来更改列表的顺序。

　　如果列表中仅标记了一个过滤器，则显示该过滤器的结果图像。但是可以标记任意数量的过滤器。如果“ 申请按下”按钮，将应用列表的所有过滤器/功能。生成的图像提供给主程序。列表选择将被忽略。