avizo 2019.1(avizo三维可视化软件)

　　avizo 2019.1是一款非常强大的三维可视化软件，同时也一款多方面3D平台，支持对不同的设计图纸进行分析和系统建模，使用户可以浏览和分析各个领域的数据集；可以使用其应用于科学可视化，物理，化学，天体物理学，考古学及其他材料科学，无损检测，层析成像和显微镜计算机辅助工程，计算流体力学，数值模拟石油和天然气，采矿，地球科学，气候，海洋学，环境；3D数据可以快速浏览，分析，比较和量化，3D对象可以表示为适合于数值模拟的图像体积或几何表面和网格，尤其是三角形表面和体积四面体网格；Avizo提供了从表示图像量的体素数据生成此类网格的方法，并且它包括通用的交互式3D查看器；需要的用户可以下载体验

新版功能

　　一、新版本号和新生命周期

　　从此2019.1版本开始，Avizo软件版本将在版本号和生命周期方面完全同步。

　　Avizo Software 2019.1是Avizo Software 9.7的升级版。

　　所有产品现在都受益于季度版本，不断让所有用户保持最佳功能和性能水平，从而提高工作效率。

　　二、新的3D图像堆栈处理

　　图像堆栈处理工作室在先前版本的Avizo软件中引入，具有交互式环境，可轻松创建和执行图像处理配方，以2D处理图像堆栈。（堆栈的每个图像都是单独处理的。）

　　在2019.1版本中，图像体积处理模块是与图像处理模块等效的3D。该模块能够以3D方式处理图像，而不是单独处理堆栈的每个图像。创建配方时，预览将在3D平板（使用用户定义的宽度）上执行，而不是在切片上执行。这允许正确设置3D参数。

　　三、新的核外图像堆栈处理

　　虽然图像堆栈处理模块允许从单个切片创建工作流，但它仍然需要在内存中具有完整堆栈来处理它。新的磁盘上的Process Stack模块可以直接在磁盘上处理完整堆栈。堆栈中的每个映像都加载到内存中，进行处理，然后保存在磁盘上。在处理期间的任何给定时间，仅处理给定图像的工作流程在存储器中。这允许处理甚至不适合存储器的极大图像堆栈。

　　四、使用计算环境遮挡的新孔和腔分割

　　这个新模块通过考虑图像的灰度值和纹理属性，实现通常无法与周围材料区分的孔和腔的分割。

　　此工具是一项主要功能，可解锁之前无法实现的分段工作流程。

　　五、新的和增强的模块

　　“按测量范围过滤”模块通过计算每个标签的度量从标签图像中提取标签子集，然后仅将这些标签保留在度量的给定范围内。

　　新的NeighborCount测量返回接近当前标签的对象数。该测量对于识别属于簇的粒子是有用的。

　　Filter Sandbox模块现在为非局部均值滤波器集成了GPU自适应流形模式，具有巨大的性能提升，尤其是在3D模式下。

　　六、Avizo Inline框架

　　增强的DICOM / DICONDE支持和扩展的用户管理

　　Avizo Inline在Receiver Service中增加了对额外DICOM / DICONDE功能的支持，提供分段文件管理，有组织的待检模型文件夹结构以及扩展的自动化配置功能。

　　此外，Avizo Inline 2019.1还提供其他用户管理功能，例如常用首选项和受密码保护的配置。

软件特色

　　1、XFiber - 光纤跟踪和编辑

　　此扩展为分析纤维，细丝，隧道和其他网络或树状结构提供了特定支持。 XFiber扩展提供自动，半自动和交互式工具，以协助分割和分析过程。

　　2、XWind - 模拟数据的网格化和后处理

　　高性能网格生成器可以生成高质量的3D四面体网格，用于FEA / CFD模拟。此扩展还专用于模拟数据的高级后处理，范围从流量到热量和应力数据。

　　3、XPoreNetworkModeling - 多孔介质的表征和建模

　　此扩展允许对一组连接区域进行表征和建模，其中球体和线条代表这些区域及其连接。

　　4、XLab - 材料物理特性的模拟

　　这些扩展提供了数值模拟能力，以计算绝对渗透率，热导率，电阻率和分子扩散率。

　　5、XDigitalVolumeCorrelation - 3D内部位移和应变测量

　　此扩展允许您从变形过程中获取的对象的3D图像计算精确的内部位移和应变图。

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　5、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮，可以根据您的需要不同的组件进行安装

　　6、桌面快捷键的创建可以根据用户的需要进行创建，也可以不创建

　　7、现在准备安装主程序，点击安装按钮开始安装

　　8、弹出应用程序安装进度条加载界面，只需要等待加载完成即可

　　9、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

方法

　　1、程序安装完成后，先不要运行程序，打开安装包，然后将文件夹内的文件复制到粘贴板

　　2、然后打开程序安装路径，把复制的文件粘贴到对应的程序文件夹中替换源文件

　　3、完成以上操作步骤后，就可以双击应用程序将其打开，此时您就可以得到对应程序

使用说明

　　可视化和处理2D和3D图像

　　读取图像-如何读取图像可视化3D图像-切片，等值面，体绘制将3D和2D视图与正视图结合在一起-如何有效地可视化和检查3D图像强度范围分割-3D图像数据分割图像分割-3D图像分割 数据有关图像过滤的更多信息-减少图像噪声或伪影或增强感兴趣的特征用于光学显微镜的反卷积-用于改善显微图像质量的强大算法

　　图像和堆栈处理-为图像数据创建图像处理工作流

　　创建图像数据的图像处理工作流程

　　图像数据可以解释为2D图像的堆栈或单个3D体积。

　　图像堆栈处理（ISP）模块允许创建和执行图像处理配方（配方自动执行一系列模块的执行，以将其重新应用到任何兼容数据上），将图像数据作为2D堆栈进行处理（每个图像的堆栈被单独处理）。

　　图像体积处理（IVP）模块允许创建和执行图像处理配方，以将图像数据处理为3D体积。

　　这两个模块（分别为“图像堆栈处理”或“图像体积处理”）中的每个模块均打开一个不同的编辑工作室（分别为“图像堆栈处理”工作室或“图像体积处理”工作室）。

　　这些编辑工作室具有交互式和动态的编辑环境，可不断提供有关所构建配方的反馈。可以访问和修改配方的任何步骤，并可以立即获得有关每次更改对最终输出的影响的反馈。它是优化的设置，用于增强和细分Avizo软件中的数据。

　　注意：下表总结了ISP配方和常规配方之间的主要区别（请参阅创建配方以自动执行工作流程）。

　　ISP或IVP配方常规配方

　　用于自动化图像堆栈或3D体积上的图像处理工作流程自动化常规工作流程

　　配方步骤的输入/输出仅图像数据类型任何数据类型

　　无限编辑

　　注意：ISP模块可以是一般配方中的一个步骤，而不是相反。

　　ISP和IVP工作区都允许访问专门用于图像处理的工具目录。始终使用两个2D查看器在输入图像数据的预览（堆栈模式下的单个切片或体积模式下的平板）的预览上完成配方的编辑。默认情况下，两个2D查看器在该步骤的处理之前（左侧）和之后（右侧）显示给定配方步骤的数据。可以将查看器设置为显示步骤输入，步骤输出，工作流输入或工作流输出

　　图115：处理之前（左），处理之后（右）

　　ISP扩展也可以从命令行以批处理方式使用（请参阅如何批处理）。此模式对于在线处理（采集期间的实时图像处理）很有用。

　　配方可以逐个片段或全局作为3D卷处理输入数据，具体取决于您用于创建配方的模块（ISP或IVP模块）。

　　如果输入数据是3D，并且用于创建配方的模块是ISP，则输入将被解释为2D切片的堆栈。配方将逐段应用。

　　您可以在大图像堆栈上使用堆栈处理机制，从输入目录到输出目录，一次最多在内存中有一个图像，方法是：

　　使用磁盘上的进程堆栈模块

　　使用ISP模块批量处理一堆大图像

　　创建配方以自动执行工作流程

　　食谱仅在Microsoft Windows平台上可用。

　　Avizo允许创建用户定义的配方，以自动执行一系列模块。 Avizo配方可促进高级工作流程的应用，例如过滤，分段以及从图像中提取用户定义的统计信息。食谱整合了您的知识，并可以将其作为按钮解决方案供其他用户使用。

　　在“食谱示例”部分中提供了执行典型细分工作流程的食谱列表。

　　可使用专用工作室来创建，编辑和执行配方。可以通过选择“工作室”工具栏上的“配方”图标来启动工作室。该工作室由三个面板组成：一个通用3D Viewer的实例，一个专用的Recipes面板（在列表中显示步骤的顺序）以及Properties（属性）面板，显示当前步骤的模块属性。主要的交互区域是“食谱”面板，您可以在其中编辑和执行食谱（见图175）。从“配方”面板的下拉菜单中选择配方后，就可以对其进行播放和编辑。 Avizo将加载在主目录的标准配方文件夹中找到的所有配方。默认情况下，此文件夹位于％APPDATA％/ Thermo Fisher Scientific / Recipes。您可以单击“加载配方”以加载其他配方，然后单击“保存配方”以将配方保存在磁盘上以与其他用户共享。

　　图175：“配方”面板

　　您可以单击“编辑配方”来更改配方名称并向其中添加一些文档（请参见图176）。

　　图176：编辑配方

　　然后，此文档显示在“配方面板”中。

　　图177：配方文档显示

　　配方可以立即执行，也可以带有断点执行，在这种情况下，配方的执行将在用户定义的步骤中暂停（请参见图178）。默认情况下，配方会在保存模块时对其进行配置。断点允许您在运行时更改配方中使用的模块的属性。这样，通过仅更改一个参数以评估该参数的敏感性，就可以执行多次配方。例如，您可以更改阈值以评估孔隙度是否对分段参数敏感。

　　注意：需要用户交互的模块（例如绘画）将自动强制设置断点。

　　对于每个步骤，您可以打开/关闭将结果保存到磁盘并将其导出到Project工作室中。如果关闭了对项目工作室的导出，则不再需要数据时，将从内存中将其删除。此操作使您可以减少内存消耗。

　　注意：仅当启用生产模式时，您的结果才会保存到磁盘。

　　图178：配方步骤操作

　　回放配方后，将鼠标悬停在步骤上会显示结果图像的预览缩略图（请参见图179）。

　　图179：配方预览

　　在每个步骤中，都可以对其结果进行快照并将其保存在应用程序数据目录中。默认情况下，使用在“编辑”>“首选项”>“自动显示”中定义的显示模块。但是，您可以添加带有断点的显式快照步骤以对其进行更改。执行配方时，它将在此步骤暂停，并允许您在“属性”面板中自定义显示模块（请参见图180）。

　　图180：添加快照

　　该文档分为以下几节：

　　创建和编辑配方

　　使用断点，重新计算另一个区域并处理完整数据

　　TCL命令中的配方

　　食谱限制

　　创建和编辑配方

　　通过一个简单的示例，本节向您展示如何创建和编辑配方。在此示例中，针对糖果矩阵内部的气泡分析了Avizo教程目录中的巧克力棒数据集。我们首先建立处理流程：

　　加载AVIZO_ROOT / data / tutorials / chocolate-bar.am

　　附加图像处理>平滑和降噪>中值滤镜。选择“解释3D”，在“属性”中将“迭代次数”设置为1，然后单击“应用”。

　　将图像分割>二值化>自动阈值模块附加到Chocolate-bar.filtered对象，然后单击“应用”。

　　将图像处理>分离和填充>填充孔模块附加到Chocolate-bar.labels数据，选择3D选项，然后单击“应用”。

　　将Compute> Arithmetic模块连接到Chocolate-bar.filled数据，将其InputB端口连接到Chocolate-bar.labels。在“表达式”字段中，输入A-B，然后单击“应用”。

　　将“度量和分析”>“单个度量”>“标签分析”模块附加到结果数据（来自以前的“算术”模块的结果），将其“强度图像”端口连接到Chocolate-bar.am，然后单击“应用”。

　　将Ortho Slice贴在Chocolate-bar.label上以可视化结果。

　　现在，您的项目视图应类似于图181。

　　图181：气泡分析工作流程

　　将“创建配方”模块附加到Result.label（来自先前的“标签分析”模块的结果），然后点击申请。 Avizo将自动切换到“配方”工作室（请参见图182）。

　　图182：配方工作室

　　测试此食谱并将其再次应用于原始数据：

　　通过在“工作室”工具栏中选择其图标来切换到项目工作室。

　　从主菜单转到“项目”>“删除所有对象”。

　　加载AVIZO_ROOT / data / tutorials / chocolate-bar.am

　　通过单击“工作室”工具栏中的选项卡，切换到“配方”工作室。

　　确保Recipes面板的Input下拉框中显示Chocolate-bar.am

　　在Chocolate-bar.am上播放食谱。该配方将计算统计数据，如图183所示。

　　图183：巧克力棒气泡统计

　　对配方满意后，保存该配方以再次使用并共享。

　　在“配方”面板中，单击“保存配方”。

　　使用文件浏览器导航到要保存配方的目录。默认情况下，配方存储在％APPDATA％/ Thermo Fisher Scientific / Recipes中，但是您可以将其保存到其他任何位置。

　　多输出配方

　　可以从多个输出数据创建配方。要创建此类配方，请在对象池中选择数据，右键单击其中一个，然后从“对象”弹出窗口中创建“创建配方”模块。

　　通过比较它们的历史日志，合并它们和/或将它们组合在一起，所创建配方的输入数量取决于所选数据的创建方式。

　　需要注意的是，尽管可以选择对象池中所有类型的对象，但是只能通过右键单击数据（相机路径和色图类型除外）来创建配方。在创建配方时，不会考虑所有选定的模块以及相机路径和色图类型数据。

　　使用断点

　　断点可用于在特定步骤停止配方，以便您手动更改一个或多个参数。在本教程中，您将在“标签分析”模块中更改“度量值组”。

　　启动Avizo。

　　加载AVIZO_ROOT / data / tutorials / chocolate-bar.am

　　将体积渲染附加到Chocolate-bar.am

　　将“提取子体积”模块连接到Chocolate-bar.am数据，然后提取图像的一小部分（请参见图184和图184）。

　　图184：在Chocolate-bar.am上提取子体积

　　图184：提取的子卷

　　从“配方”面板加载AVIZO_ROOT / data / tutorials / recipes / Bubble-Analysis.hxrecipe。

　　将配方输入设置为提取的图像（即chocolate-bar.view），并在Label Analysis步骤中设置断点（请参见图185）。

　　图185：标签分析步骤的断点

　　运行配方，直到达到断点。在此阶段，无法更改输入数据或退出配方工作室。仅工具的属性可更改。在“端口度量”中，选择“标准形状分析”。单击“播放”继续（请参见图186）。

　　图186：修改后继续配方

　　也可以使用“配方”面板上的“加载配方”，从AVIZO_ROOT / data / tutorials / recipes / Bubble-Analysis.hxrecipe直接加载本教程中描述的配方。

　　TCL命令中的配方

　　将配方保存在磁盘上后，可以从TCL脚本中重放它们。以下TCL命令可用：

　　设置配方：recipesController设置当前宏配方名称

　　设置配方的输入：TheRecipesController setInput numInput currentInput

　　播放食谱：theRecipesController播放MacroNoPause

　　获取食谱的最后结果：theRecipesController getLastResult

　　启用/禁用生产模式：RecipesController setProductionMode值[0：关闭| 1：开启]

　　配方限制

　　配方机制有一些已知的限制：

　　步骤删除

　　您只能删除配方的第一步或最后一步，但始终可以删除的快照步骤除外。

　　如果配方的最后一个步骤有多个输入，则无法删除该步骤。删除步骤将意味着具有多个配方结果，因为删除的步骤输入将成为新的输出。目前，配方机制只能处理一个最终配方结果。

　　如果配方中仅剩一步，则无法删除。

　　示例：如果是最后一步，则不能删除带有“或图像”之类的模块的步骤。

　　输入步骤无法删除。

　　步骤插入

　　目前，只能在配方中插入快照步骤。

　　默认显示

　　由于该模块只有一个实例，因此无法使用“正交视图”模块。

　　清除配方中间数据

　　当配方的中间结果与先前的中间结果有关联时，必须将最后一个结果显式导出到项目工作室，以免配方清洗过程将其删除。

　　示例：依次执行“生成曲面”步骤（生成曲面数据）然后执行“曲面法线”步骤（从曲面生成矢量场数据）时，可能会出现此问题。矢量场数据必须与表面数据相关，因为没有它就无法存在。但是，当前的配方机制无法检测到数据之间的这种依赖性。所以表面数据可以通过自动配方清洁过程删除，而下一步仍需要通过矢量字段进行处理。

　　为了避免此类问题，在此示例中，必须将“生成表面”步骤的结果显式导出到项目工作室，以确保配方清理过程不会将其删除。

　　配方示例列表可在“配方示例”部分中找到。