Jmol下载-Jmol 三维分子显示工具下载 v14.29.29 官方版

　　Jmol是一款免费的开源分子查看器，它是一款基于浏览器的开源HTML5查看器和用于3D化学结构的独立Java查看器，具有分子，晶体，材料和生物分子的功能，适用于化学，生物化学，物理和材料科学领域的学生，教育工作者和研究人员；它以四种独立模式运行：一个使用jQuery的HTML5专用Web应用程序，一个Java applet，一个独立的Java程序（Jmol.jar）和一个“无头”服务器侧组件（JmolData.jar）；Jmol可以读取许多文件类型，包括PDB，CIF，SDF，MOL，PyMOL PSE文件和Spartan文件，以及高斯，GAMESS，MOPAC，VASP，CRYSTAL，CASTEP，QuantumEspresso，VMD和许多其他量子化学的输出程式；文件可以直接从多个数据库传输，包括RCSB，EDS，NCI，PubChem和MaterialsProject；可以加载和比较多个文件；丰富的脚本语言和完善的Web API允许轻松自定义用户界面；功能包括交互式动画和线性变形。强大且实用，需要的用户可以下载体验

软件功能

　　1、GNU宽通用公共许可证授权的免费开源软件

　　2、小程序，应用程序和系统集成组件

　　①该JmolApplet是Web浏览器的小程序，可以集成到网页。它是开发基于Web的课件和可通过Web访问的化学数据库的理想选择。JmolApplet为Chime插件的用户提供了升级路径。

　　②该Jmol的应用程序是在桌面上运行的独立Java应用程序。

　　③该JmolViewer可以集成为一个组件插入到其他Java应用程序。

Jmol(三维分子显示工具)

　　3、多语言

　　①翻译成多种语言：加泰罗尼亚语（ca），中文（zh_CN和zh_TW）捷克语（cs），荷兰语（nl），芬兰语（fi）法语（fr），德语（de），匈牙利语（hu），印度尼西亚语（id），意大利语（it），韩语（ko），马来语（ms），葡萄牙语 - 巴西（pt_BR），西班牙语（es），土耳其语（tr），乌克兰语（英国）（除了美国本土英语，en-US，和英国英语，en-GB）。

　　②如果是可用的翻译，则自动采用用户操作系统的语言。如果需要，您可以更改为其他语言。

　　4、支持所有主流Web浏览器：Internet Explorer，Mozilla和Firefox，Safari，Google Chrome，Opera，Konqueror，IceWeasel，......

　　5、高性能3D渲染，无硬件要求

　　6、有关Jmol可以阅读的文件类型的完整详细信息，请参阅脚本文档以及Jmol Wiki文件格式页面。请注意，使用gzip压缩的文件将自动解压缩。

软件特色

　　积极，乐于助人的全球用户群; 每年约100,000次下载

　　适用于所有现代浏览器的HTML5 / canvas图形，包括iOS和移动设备

　　极低的占地面积选项（50K），用于简单的交互式结构显示

　　其他服务器端Java，独立Java和签名Java小程序选项

　　完整的晶体学对称能力

　　加载许多曲面格式并动态创建和显示曲面

　　易于定制的基于Web的界面兼容（并且需要）jQuery

　　记录良好的脚本语言，包含1000多个令牌

　　读取60多种文件格式，包括PyMOL（PSE）会话文件

　　从体积（CUBE）数据创建高度压缩（300：1）表面文件

　　导出为GIF，JPG，PNG，PDF，WRL，POV-Ray，OBJ格式

　　为纯HTML5应用程序使用定制的，优化的Java-to-JavaScript编译

　　用于客户端JavaScript的Swing和PDF导出的通用JavaScript库

　　JSpecView模块功能：

　　阅读JCAMP-DX，CML，AnIML格式

　　交互式实际和预测的1H NMR光谱

　　交互式IR，拉曼，NMR，GC / MS，UV / VIS光谱

　　光谱以PDF格式生成

安装步骤

　　1、点击本网站提供的下载地址下载得到对应的程序安装包

　　2、用户只需要打开相对应程序文件夹即可使用

　　3、该应用程序不需要繁琐的安装步骤，只需要通过双击程序即可打开

使用说明

　　图形和渲染

　　Jmol v10中的图形有何不同

　　为Jmol v10开发了一种新的3D图形引擎，以正确支持交叉形状。这在查看空间填充分子模型时非常重要。

　　当处理较大的分子时，3D引擎也具有更高的性能。

　　我看到了锯齿。为什么图形抗锯齿

　　在构建图像时不使用Java图形调用。整个场景在内存中构建，并通过一个drawImage操作传输到屏幕。

　　嘿......你不是抱怨速度的人吗

　　最近的（v11）版本的Jmol允许使用抗锯齿，用于显示和导出的图像。查看 Jmol脚本文档。

　　但我需要一些更高质量的图像......

　　从应用程序导出到POV-Ray，或者

　　增加应用程序窗口的大小，或者

　　学习如何以更大的尺寸打开Jmol并使用命令行导出图像而不显示。

　　Jmol是否支持isosurfaces

　　是。从版本10.2开始，Jmol具有一些用于呈现isosurfaces的功能，这在11.0版本上得到了极大的扩展。

　　Jmol支持蛋白质二级结构的形状是什么

　　使用RasMol / Chime术语，Jmol current支持骨干，痕迹，股线，丝带，网状物，卡通和火箭。

　　JmolApplet部署

　　对于applet，必须在Web客户端计算机上安装什么

　　不需要在客户端计算机上安装特殊的Jmol特定软件。

　　除了支持Java的Web浏览器，以及在浏览器中安装和启用的最新版本的Java（最好是来自Sun的Java虚拟机）之外，客户端机器不需要任何其他内容。当客户访问包含JmolApplet的网页时，applet会自动从Web服务器下载并执行。

　　JmolApplet作为不受信任的 applet 运行。applet没有任何来自用户的加载和开始执行的确认。对于喜欢利用其优势的作者，还有一个受信任版本的applet（JmolAppletSigned）（详见技术说明，浏览器增强技术）。

　　Jmol.js JavaScript库

　　强烈建议您使用Jmol.js JavaScript库在网页中分配applet。

　　JmolApplet是否可以在本地永久安装，如插件

　　没有。

　　Applet缓存在本地浏览器缓存中。随后使用applet将从缓存中提取applet（确认Web服务器上的日期/时间/大小未更改之后）。至少，这是理论......它在我见过的浏览器上正常工作:-)

　　必须在服务器上安装哪些MIME类型？

　　没有。Web服务器不需要特殊配置

　　Applet不像插件那样与MIME类型相关联。虽然Chime 插件需要配置Web服务器，但Jmol Applet却没有。

　　查看有关浏览器增强技术的技术说明

　　我应该使用APPLET，OBJECT或EMBED作为我的html标签吗？

　　强烈建议您使用 Jmol.js JavaScript库，因为它会根据用户的浏览器自动插入最佳选择。

　　如果你坚持自己做， EMBED对applet不好; APPLET比...更好OBJECT。

　　不要被Sun Java Plug-in开发人员文档混淆！

　　遗憾的是，Sun Java Plug-in文档无法很好地解释当前的世界状况。该文档是几年前编写的，确实需要清理。在许多地方，似乎仍然建议使用OBJECT标签。这是直到2002年之前的事情。从那时起，Sun Java Plug-in直接支持APPLET Microsoft Internet Explorer上的标记，而这个问题基本上消失了。但是，Sun需要维护使用OBJECT标记部署的旧企业Intranet应用程序的文档。

　　Sun Java Plug-in开发人员指南的第12章说：

　　使用Internet Explorer，建议您使用APPLET标记进行Internet部署。

　　...

　　使用Netscape，建议您使用APPLET标记进行Internet部署。

　　我遇到了loadInline的问题

　　您应该使用 Jmol.js JavaScript库

　　确保在loadInline param标记和loadLine 方法之间做了明确的区分。

　　loadInline参数似乎不起作用

　　您应该使用 Jmol.js JavaScript库

　　不幸的是，loadInline param标签的机制相当丑陋...... HTML规范给我们带来了一些问题。

　　HTML规范要求在将参数字符串传递给applet 之前删除换行符（并将回车符转换为空格）。因此，浏览器会在将换行符发送到applet之前删除换行符。

　　Jmol有一个特殊的语法来解决这个问题。你把每一行的一个垂直条开始......就像这样：

　　...

　　JmolApplet将用换行符替换竖条。（通过第一个垂直条向上的任何空白区域都被删除）。

　　如果您有一个带分子模型的文本字符串并且您想要转换它，则可以使用正则表达式来执行替换。不同的操作系统平台上使用的线路终端不同的约定，因此您的代码应检查是否有三种不同的结束的行序列...... carriage-return，linefeed或 carriage-return linefeed。

　　在Perl中： myMolecularModel ~= s/\r|\n|\r\n/|/g;

　　在JavaScript中： myMolecularModel.replace(/\r|\n|\r\n/g, "|");

　　脚本问题

　　旋转Z; 旋转Y; 旋转Z.

　　当您发出脚本命令show orientation时，它会输出三个轴旋转，将分子返回到当前方向。这种在3空间中的旋转方向称为欧拉角。

　　不幸的是，Euler Angles有几种不同的约定。最常见的是ZXZ（x-convention）和ZYZ（y-convention）。ZYZ（y-convention）通常遵循量子力学。因此，Jmol使用y约定。

常见问题

　　关于Jmol项目

　　你怎么写Jmol？还有另一个JMol吗？如何在已发表的论文中引用Jmol？使用Jmol 我如何学习使用Jmol？Jmol可以用我的语言显示吗？硬件要求最低硬件要求是什么？推荐的硬件要求是什么？运行JmolApplet需要OpenGL或3D硬件吗？应用程序系统要求Jmol应用程序运行在哪些平台上？性能表现非常棒！为什么这么快？渲染速度真的很慢。我能做什么？3D显卡会提高性能吗？

　　当我把窗户做得更大时，为什么它变得那么慢？

　　图形和渲染

　　Jmol v10中的图形有何不同？我看到了锯齿。为什么图形抗锯齿？但我需要一些更高质量的图像...... Jmol是否支持isosurfaces？Jmol支持蛋白质二级结构的形状是什么？JmolApplet部署对于applet，必须在Web客户端计算机上安装什么？Jmol.js JavaScript库JmolApplet可以在本地永久安装，就像一个插件吗？必须在服务器上安装哪些MIME类型？我应该使用APPLET，OBJECT或EMBED作为我的html标签吗？我遇到了loadInline的问题

　　loadInline参数似乎不起作用

　　脚本问题

　　旋转Z; 旋转Y; 旋转Z.

　　关于Jmol项目

　　你怎么写Jmol？

　　资本J，小写mol

　　请不要以任何其他方式写它...以避免与其他项目混淆...继续阅读......

　　还有另一个JMol吗？

　　是的，有一个名为JMol的项目...但不是Jmol ... 注意拼写的区别。

　　约克将在美国佐治亚大学复杂碳水化合物研究中心写下JMol观察者。主页是在http://www.ccrc.uga.edu/~will/jmol/jmol.html（它不再存在）。

　　如何在已发表的论文中引用Jmol？

　　无论是在网络上还是在已发表的论文中，您都应该以这种方式引用Jmol：