Beacon Designer8下载(pcr引物设计软件)

　　Beacon Designer8提供引物设计功能，软件提供非常多的设计方案，可以直接在软件建立分析项目，可以在软件建立核苷酸分析，可以在软件建立NDA分析，支持使用分析ID的dbSNP快速检索批次序列，提供BLAST搜索，集成的BLAST搜索任何加载的序列，也可以使用NCBI的独立WWW BLAST服务搜索本地自定义数据库，支持信标和模板二级结构搜索，计算并查看折叠温度下可能的二级结构，在探针和引物设计中避免了这些结构，支持多种实验输出方案，支持GenBank，FASTA和dbSNP格式输出， GenBank和FASTA格式的文件可以包含多个序列，支持SNP加载，使用标准GenBank变异文件轻松一次在单个序列上添加SNP或加载数千个SNP，也可以选择突变加载，在HRMA模式下，支持所有类型的突变（插入，缺失，替换）进行引物设计，支持查看电子表格中的输出，可以在任何电子表格程序（例如MS Excel和Lotus123）中查看和操作结果，灵活的输出格式，输出文件的制表符分隔格式可以轻松地加载到任何数据库中。

软件功能

　　Beacon Designer为SYBR®Green，TaqMan®，LNA加标TaqMan®，MethyLight，分子信标，NASBA®，Scorpions®，FRET和HRMA（高分辨率熔解）测定设计核苷酸。通过避免自动解释BLAST搜索结果而发现的交叉同源性来设计高度特异性的引物。该程序通过避免模板二级结构来确保高效杂交和高产量。 Beacon Designer通过跨外显子-外显子和外显子-内含子边界设计引物来避免gDNA污染。内含子和外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。 Beacon Designer评估预先设计的检测方法并设计兼容的寡核苷酸以扩展设计。它还为单管多重实验设计信标和TaqMan®。信标设计器提供以下主要功能：

　　1、信标设计

　　自动Tm调整-自动选择适当长度的茎，以实现最佳信标Tm。

　　最佳信标-设计不含二聚体，重复序列并运行的分子信标，以提高信号强度。

　　等位基因识别-设计用于检测野生和突变等位基因的分子信标。

　　多重信标和引物-使用所有引物检查分子信标是否具有交叉同源性，以防止多重反应中的竞争。

　　评估预先设计的信标-允许使用先前设计的信标作为搜索其他靶标上的引物/信标以进行多路复用的基础。

　　Tm计算-高精度发夹Tm计算。

　　快速闪电-一秒钟内即可处理平均cDNA序列。

　　图形视图-显示所设计信标的图形视图。

　　2、TaqMan®探头设计

　　TaqMan®探针-设计最佳的TaqMan®探针，不含二聚体，重复序列和运行序列，以确保信号保真度。

　　TaqMan®和引物的多重-支持多达四个序列的多重化，检查所有探针和引物的交叉同源性，从而防止多重反应中的竞争。

　　预先设计的TaqMan®探针和引物-允许使用SYBR®绿色测定引物设计最佳的TaqMan®探针。

　　算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻热力学值计算Tm。

　　图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

　　3、MethyLightTaqMan®探头设计

　　MethyLightTaqMan®探针-设计最佳的MethyLightTaqMan®探针，不含二聚体，重复序列并运行以检测经亚硫酸氢盐处理的链中的任何一条。

　　评估预先设计的MethyLightTaqMan®探针和引物-允许使用预先设计的引物来设计最佳TaqMan®探针。

　　算法-使用高度精确的圣卢西亚最近邻热力学值计算Tm。

　　图形视图-显示探针二级结构的图形视图

　　4、LNA替代TaqMan®探针

　　LNA替代TaqMan®探针-设计小长度，高Tm的最佳LNA替代TaqMan®探针，不含二聚体，重复序列并确保信号保真度。

　　多重LNA替代TaqMan®探针和引物-支持多达四个序列的多重分析，检查所有探针和引物的交叉同源性，从而防止多重反应竞争。

　　评估预先设计的LNA替代TaqMan®探针和引物-允许使用SYBR®绿色测定引物设计最佳的LNA替代TaqMan®探针。

　　算法-使用Raymond Peterson博士给出的高精度校正值计算Tm，然后将其添加到SantaLucia最近邻热力学值。

　　图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

软件特色

　　1、FRET探针

　　FRET探针-设计出不含二聚体，重复序列和运行序列的最佳FRET探针，以确保信号保真度。

　　多重FRET探针和引物-检查FRET探针是否与所有引物交叉杂交，以防止多重反应竞争。

　　评估预先设计的FRET探针和引物-允许使用SYBR®green引物设计最佳的FRET探针。

　　算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居计算Tm热力学值。

　　图形视图-显示探针二级结构的图形视图。

　　2、Scorpions®底漆设计

　　Scorpions®Primer-设计最佳的标准引物，Scorpions®引物，Probe和Scorpions®，不含二聚体，重复序列和运行序列，可确保信号保真度。

　　等位基因识别-设计Scorpions®来检测野生和突变等位基因。

　　MultiplexScorpions®和引物-检查Scorpions®是否具有交叉同源性，所有引物可防止多重反应竞争。

　　预先设计的Scorpions®引物-允许使用预先设计的探针/引物来设计最佳引物/探针和蝎子。

　　Tm计算-高精度发夹Tm计算。

　　图形视图-显示设计的Scorpions®Primer的图形视图。

　　3、底漆设计

　　设计引物-设计针对SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA应用优化的引物对。

　　算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居热力学值计算引物Tm。

　　引物等级-根据引物效率对引物进行排名。根据引物的热力学性质和二级结构筛选综合标准引物。

　　自动引物多路复用-检查引物池中的同源性，以减少引物二聚体。

　　预先设计的引物-允许将先前设计的引物用于信标，TaqMan®，FRET，HRMA和SYBR®Green分析。

　　避免模板的二级结构-设计引物时自动避免模板中的二级结构。

　　避免交叉同源性-通过自动避免使用BLAST发现的同源性来确保信号保真度。

　　引物扩增子和探针BLAST搜索-BLAST搜索引物，扩增子和探针以验证设计的特异性。

　　SNP扩增用于信标，TaqMan®，FRET和HRMA化学试剂的引物旨在扩增SNP。 SYBR®Green引物的设计应使区分等位基因的核苷酸位于其中一种引物的3'末端碱基处。可以将HRMA分析设计为扩增SNP和所有其他类型的突变，例如取代，缺失，插入等。

　　一致的条件-运行中的所有引物均针对相同的PCR反应条件进行了优化。

　　4、爆炸搜索

　　选择性cDNA扩增-通过设计跨外显子/外显子和外显子-内含子边界的引物来避免gDNA污染。外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。也可以手动指定它们。

　　BLAST搜索-BLAST搜索整个序列，设计引物和扩增子以显现特异性。

　　BLAST数据库-使用独立的BLAST搜索本地自定义数据库，或直接连接到NCBI服务器以获取公共数据库。

　　重复和低复杂度区域-优化BLAST搜索参数以在搜索NCBI可用的基因组数据库时检测重复和低复杂度区域。

　　BLAST结果视图-提供在序列，引物对，扩增子和探针上搜索BLAST的结果视图。

　　5、数据库和数据管理

　　设计模式-Beacon和TaqMan®设计位于不同的模块中：允许在运行时进行模式切换。

　　项目-创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。

　　应用程序数据库-维护用于序列信息和搜索结果的本地数据库。

安装方法

　　1、打开BD814Installer.exe直接启动软件，提示安装界面

　　2、在软件上查看协议内容，点击接受

　　3、提示软件的安装提示，点击next

　　4、软件的安装地址C:\Program Files (x86)\Beacon Designer 8.14

　　5、提示软件的安装进度，等待软件安装完毕

　　6、提示软件的安装结束界面，点击finish结束安装

方法

　　1、打开patcher文件夹，将补丁复制到软件安装地址

　　2、输入在命令界面输入java -jar patcher.jar就可以加载补丁

　　3、启动主程序就可以正常使用

　　4、Beacon Designer在设计引物时避免了交叉同源，重复和低复杂性区域。 它解释BLAST搜索结果，以确定所选序列的相关交叉同源性。 您可以在“交叉同源性”窗口中查看相关的交叉同源性，方法是选择“视图”>“交叉同源性”，或在“高炉信息”选项卡中单击“按钮”。

　　5、反应条件

　　Beacon Designer根据标准反应条件设计最佳引物。 您可以通过选择工具>反应条件来查看和更改反应条件。

　　以下是默认的反应条件：

　　核酸浓度：TaqMan®/信标/ FRET设计模式的默认值为250 nM，而SYBR®Green和HRMA底漆设计模式的默认值为100 nM。 核酸浓度是指根据Rychlik等的反应混合物中退火寡核苷酸的浓度。 （核酸研究，第18卷，第21号）。 因此，它指的是SYBR Green和HRMA化学试剂的浓度。 对于基于探针的化学试剂，是指引物和探针的浓度。

　　6、添加用户定义

　　使用Beacon Designer，可以将设计参数另存为模板。 可以一次又一次地应用相同的模板，而无需在每次分析时都填写我们的参数。 还提供了添加/删除/编辑模板的功能，该模板可用于同一序列或同一项目的任何其他序列。

　　要添加用户定义的参数模板：

　　1）转到工具>用户定义>添加。

　　2）启动“添加用户定义的参数”窗口。

　　指定名称和参数。 单击添加。 搜索模板将添加到模板列表中。

　　要删除用户定义的参数模板：

　　1）转到工具>用户定义>编辑/删除。

　　2）显示已添加模板的列表。 选择要删除的模板，然后按“删除”。 添加的模板将被删除。

　　要编辑用户定义的参数模板：

　　1）转到工具>用户定义>编辑/删除模板。

　　2）选择要编辑的模板，然后按编辑。 更改必要的参数，然后按Update。

　　7、默认项目位置：默认情况下，项目保存在产品安装目录中的BDProjects文件夹中（对于Windows为C：\ Program Files \ Beacon Designer \ BDProjects和对于Mac为/ Beacon \ Designer \ 7.5 / BDProjects）。 您可以通过指定一个新文件夹来更改此文件夹的默认位置。

　　文件选择器：

　　对于Mac：您可以使用自己选择的“文件选择器”对话框。 可用的选项有（1）特定于OS和（2）自定义。

　　选择“特定于操作系统”时，将显示本机Mac文件选择器对话框。

　　选择“自定义”时，将显示作者定义的自定义文件选择器对话框。 单击演示以查看所有这些。

　　8、互联网设置

　　该程序支持直接Internet连接和通过代理服务器的Internet连接。如果您的组织有机构防火墙，则在将您连接到Internet之前，该程序可能需要经过代理服务器。代理服务器充当内部网络（Intranet）和Internet之间的中介，用于从远程Web服务器检索文件。要将程序设置为可与代理Internet连接一起使用，请从“在线”菜单中选择“ Internet设置”。您有两种选择，使用代理服务器或自动配置脚本：

　　选中使用代理服务器选项。

　　a。在地址下添加代理服务器的主机名或IP地址。

　　b。在“端口”下添加代理服务器的端口号。

　　C。单击确定以保存设置。

　　9、开放序列

　　序列可以直接从Entrez，dbSNP或本地驱动器上保存的文件中打开。

　　Entrez的开放序列

　　信标设计器提供对Entrez的在线访问。 使用此Web集成功能，可以直接从Entrez检索序列。

　　1.选择File> Open> Sequence> From Entrez或单击工具栏中的按钮。 输入登录号/ GI号。

　　2.您可以一次打开多个序列。 要打开多个序列，请键入或粘贴以逗号，制表符或换行符分隔的登录号/ GI号列表。

　　例如，您可以在打开的序列窗口中键入以下登录号：AJ300450，Y13051，AB036365，然后单击“确定”。 保藏号或GI号可以用逗号或制表符分隔，或每行输入一个数字。 下载的序列将出现在序列信息表中。