HyperChem(多功能化学分子模拟与绘制软件)

　　HyperChem是一款多功能化学分子绘制软件，用HyperChem构建分子很简单。只需从元素周期表中选择一个元素，然后单击并拖动鼠标即可绘制结构草图，鼠标围绕键的旋转，立体化学和键的橡皮筋控制使更改结构变得容易；提供广泛的选择，突出显示和显示功能使用户可以轻松地关注复杂分子中感兴趣的区域；可以使用方便的鼠标控制工具选择，旋转，平移和调整结构大小。修改设置以控制工具的操作，使用系统中的模型构建器将粗略草图转换为3D结构，可以用各种取代基(包括您自己的自定义取代基)替换任何选定的氢;轻松应用构建器约束：指定键长度，键角度，扭转角或所选原子的键几何形状;指定原子类型，原子电荷，形式电荷和原子质量,建立簇和复杂的分子组装；移动单个原子和分子就像移动组一样容易;从氨基酸和核苷酸残基文库构建肽和核酸,突变残基并逐步构建大分子，可添加一个定期框的预先平衡的水分子用于水的拯救研究，周期性边界条件可以用于其他溶剂系统，也可以不使用溶剂；需要的用户可以下载体验

软件功能

　　从标准文件格式导入结构：Brookhaven PDB，ChemDraw CHM，MOPAC Z-matrix，MDL MOL和Tripos MOL2文件。

　　分子展示

　　使用球和棒，融合的CPK球，棒，球和圆柱体或管子显示结构

　　在任何渲染中添加范德华点。

　　在同一分子中的任何原子上使用任何渲染。

　　指定杆或圆柱的宽度，以及球体的半径。

　　可以使用立体声和透视图以及质量设置。

　　在工作空间中显示分子的光线跟踪图像。

　　选择并命名原子集，以自定义显示或监视属性。

　　设置和显示原子的自定义标签。

　　显示键标签，显示当前键长度或当前计算的量子机械键顺序。

　　使用功能区，β折叠，随机线圈，圆柱体等显示蛋白质骨架，并可选显示侧链。

　　突出显示潜在的氢键相互作用。

　　显示偶极矩向量和梯度向量。

　　计算化学

　　使用HyperChem通过单点，几何优化或过渡状态搜索计算来探索量子或经典模型势能面。

　　包括热运动的影响以及分子动力学，朗格文动力学或Metropolis Monte Carlo模拟。

　　可以添加用户定义的结构约束。

　　计算类型

　　单点计算可确定给定固定几何结构的分子能量和性质。

　　几何优化计算采用能量最小化算法来定位稳定结构。提供了五种最小化算法。

　　振动频率计算可以找到优化结构的正常振动模式

　　可以显示振动频谱，并且可以动画显示与特定过渡相关的振动运动。

　　过渡状态搜索使用特征向量跟随或同步过渡方法定位与过渡状态相对应的亚稳结构，然后计算分子性质。

　　分子动力学模拟计算分子系统的经典轨迹，量子力可以用来模拟反应性碰撞。

　　加热，平衡和冷却时间可用于模拟退火和其他与温度有关的过程的研究。

　　恒定能量和恒定温度模拟均可使用。

　　Langevin动力学模拟将摩擦力和随机力添加到常规分子动力学中

　　以在不包含显式溶剂分子的情况下对溶剂碰撞效应进行建模。

　　都会 蒙特卡洛 模拟在给定温度下从统计集合中采样配置

　　可用于探索系统的可能配置以及计算与温度相关的平衡平均值。

　　通过单激发配置交互（CI）产生的激发态。

软件特色

　　计算方法

　　密度泛函理论（DFT）

　　从各种各样的交换和关联功能中进行选择。

　　从各种集成网格中选择

　　从头算起计算和基函数的所有选项（请参见下文）。

　　从头算量子力学

　　从许多常用的基础集（STO-1G至D95 **）中进行选择，包括标准的STO-3G，3-21G，6-31G *和6-31G **基础集

　　可以将额外的基本函数（s，p，d，sp，spd）添加到单个原子或原子组中。

　　用户还可以使用HyperChem记录的基础集文件格式轻松定义自己的基础集或修改现有基础集。

　　半经验量子力学

　　ħ yperChem提供11半经验分子轨道法，利用有机和主族化合物选项，过渡金属络合物，和用于频谱模拟。

　　从Extended Huckel，CNDO，INDO，MINDO/3，MNDO，MNDO/d，AM1，RM1，PM3，ZINDO / 1和ZINDO/S中进行选择。

　　分子力学

　　四个力场为探索分子系统的稳定性和动力学提供了计算上方便的方法。

　　用户定义的原子类型和参数增加了灵活性。

　　从MM（通用力场）和三个专门的生物分子力场中进行选择：Amber，BIO和OPLS。

　　混合模式计算

　　HyperChem允许您在分子系统的一部分（例如溶质）上执行量子计算，同时经典地处理系统的其余部分。

　　这种边界技术可用于所有量子方法，并且具有从头算的一些限制。

　　使用化学家的开发人员套件自定义和扩展HyperChem

　　简化HyperChem的菜单。添加新的图形和计算功能；为特定的应用程序创建自定义菜单。

　　与Visual Basic，C，C和FORTRAN程序的接口。添加对话框以及菜单项。

　　例如，您可以使用HyperChem可视化非图形量子化学程序的结构和结果。

　　将HyperChem过程链接到其他Windows程序，例如MS Word和Excel；

　　将选定的结果定向到这些应用程序以方便分析和报告。

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮

　　5、弹出激活码输入界面，输入anxz，激活码输入：12-800-1501799999

　　6、接着还会弹出一个提示，输入程序序列号：　12-800-1501799999

　　7、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　8、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮，可以根据您的需要不同的组件进行安装

　　9、弹出应用程序安装进度条加载界面，只需要等待加载完成即可

　　10、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

方法

　　1、程序安装完成后，先不要运行程序，打开安装包，然后将文件夹内的文件复制到粘贴板

　　2、然后打开程序安装路径，把复制的文件粘贴到对应的程序文件夹中替换源文件（路径为：Program文件夹中）

　　小编更改的文件路径为D:\AAAAA\Program

　　3、完成以上操作步骤后，就可以双击应用程序将其打开，此时您就可以得到对应程序

使用说明

　　此发行版中的新功能包括配置交互计算功能，除了通常的单励CI外，还具有双励CI（DCI）或双励加单励CI（SDCI）的功能。此新功能仅适用于Ab Initio计算。它仅使用主存储器完成，因此非常大的DCI计算可能不切实际。

　　此外，核酸的新参数（Perez等人，Biophysical Journal，92，3817-29）可用于分子力学的Amber94，Amber96和Amber99参数集。当将DNA或RNA连接中C5'原子的传统原子类型CT替换为新原子类型CI时，将使用这些新值。

　　从单体核酸创建双重站立的DNA时，Windows 7和Vista而不是XP的错误已在8.0.10中修复。

　　主要的新功能是添加了重要的新帮助。附加的帮助引擎对于描述菜单，对话框等最为有用。此外，已知错误已在最新版本中得到解决。

　　nap2Text实用程序（仅Windows）已更新为与HyperChem for Windows 8.0.9及更高版本相对应。该实用程序将分子动力学快照文件从二进制转换为文本。由于HyperChem数据结构多年来发生了变化，因此只能保证该实用程序将读取当前的快照文件以及适用于Windows的HyperChem未来版本的快照文件。

　　现在可以免费获得HyperChem for Windows的8.0.9版维护。

　　此版本的主要新功能是它可以充当iPhone，iPod和iPad的个人服务器（PS）。网络对话框已得到增强，可以显示移动设备要使用的当前IP，并允许PS用户输入移动设备要使用的登录ID和密码。另外，该日志允许PS用户限制可以由移动设备执行的脚本。这使PS用户可以为使用移动设备的学生设置教育实验。

　　Mobile HyperChem Free允许您在设备上绘制，创建和保存分子，并使用“选择”，“旋转”，“平移”等常规HyperChem工具进行操作。

　　此外，Mobile HyperChem Level 1还可以使您与Internet上的HyperChem for Windows副本进行交互，以来回传输分子，执行计算并检索结果以显示在移动设备上。Windows的HyperChem充当移动设备的个人服务器（PS）。从某种意义上来说，这是PS，一次只能交互一个设备并登录到服务器（HyperChem）。可以用作PS的HyperChem版本必须是HyperChem Release 8.0.9或更高版本。

　　HyperChem使用OpenGL图形，并且与用于良好图形卡的良好驱动程序配合使用效果最佳。

　　许多标准Linux发行版在这种支持上都很薄弱。为了使HyperChem有效（甚至令人满意）使用其OpenGL图形，可能需要安装特定的图形驱动程序。

　　Fedora核心

　　例如，开发HyperChem的Fedora Core 10或11通常需要下载图形驱动程序。大多数人使用的标准图形卡来自NVIDIA或ATI。目前，ATI潜水员似乎甚至无法用于Fedora Core10。必须在安装Fedora Core 10之后下载NVIDIA卡的驱动程序。所需的特定驱动程序取决于特定的NVIDIA卡。

　　除了Fedora Core之外，其他版本的Linux可能会提供适当的图形驱动程序，但这不能保证，因此可能需要在Web上搜索适当的驱动程序。HyperChem应该与任何驱动程序一起运行，但可能无法正常运行，除非该驱动程序和相关的卡支持比最低入门级更好的图形。

　　HyperChem需要支持其OpenGL渲染的图形驱动程序的情况正在变得越来越好，新Linux发行版可能会满足HyperChem的需求，或者至少使其易于获得。

　　图书馆

　　HyperChem需要许多库，在此阶段它们是动态库，而不是静态库。Thes动态库（* .so）必须是Linux发行版的一部分。这些库可能不是您的Linux版本的标准安装的一部分，您可能以后必须安装它们。 最好是在安装Linux时，要求添加各种编程工具，以便一定程度地确信这些库将成为Linux计算机的一部分。