SimVector(质粒图谱绘制工具)

　　SimVector是一款功能强大的质粒图谱绘制工具，质粒图谱是生物研究中常见的图谱类型，当用户需要绘制时，可以借助专业的绘图软件来实现，例如SimVector，该程序旨在帮助您通过简单的工作流程快速完成质粒图谱的绘制，其其具备了一个所见所得的绘图界面，并提供了丰富的绘制工具供您进行选择，而且您创建的所有的项目都可以在目录结构树下进行分类管理，使用起来非常的方便，总的来说，SimVector为您带来了全面的质粒图谱绘制解决方案，有需要的朋友赶紧下载吧！

软件功能

　　计划克隆实验：

　　设计网关克隆实验：使用SimVector，您可以执行构成网关克隆的BP和LR反应。BP反应和产生进入克隆需要供体载体和表达载体。LR反应和产生表达载体需要进入载体和目的载体。

　　设计TA克隆载体：SimVector使设计TA克隆实验变得容易。TA克隆向导接受商业T载体或限制性设计的T载体，并将它们与修饰的PCR产物结合。然后，您可以生成一个高度准确的重组DNA质粒图谱。

　　执行限制克隆：

　　这种克隆技术需要限制性内切酶来切割载体分子和要克隆的分子。SimVector可以进行限制酶分析，并允许您在所需序列上过滤，注释和定位限制酶。

　　执行限制酶分析：

　　SimVector可以识别DNA序列中的限制性酶识别位点，以进行限制性位点作图。超过1000种限制酶的综合数据库用于限制分析。提供了两种酶过滤模式来指定限制分析的参数。酶过滤使您可以设置酶标准以符合您的实验要求。为方便起见，其中包括来自20多个商业提供商的酶组。

　　绘制目录质量质粒图谱：

　　绘制质粒图谱：使用SimVector绘制公开质量的质粒图谱。

　　多克隆站点（MCS）显示：

　　SimVector通过解释GenBank标头注释（如果可用）来识别MCS，或者您可以手动指定它们。

　　它甚至可以巧妙地列出仅在MCS内切割的酶，而无处不在。这种特殊格式称为“括号视图”。

　　目录质量矢量图形：为Adobe Illustrator 10和Microsoft PowerPoint 2002以矢量图形格式生成质粒图图像。

　　导出可用于Web的图像：导出JPEG，PNG和TIF格式的高分辨率质粒图谱图像，以便轻松添加到网站中，并可以将图像导出到宿主页面。

　　图形Entrez功能：将GenBank注释转换为图形功能（线性和圆形序列图）。

　　创建向量：

　　在不知道其顺序的情况下创建矢量图

　　自定义矢量地图：

　　简易样式-只需单击一下按钮，即可从数百种字体，颜色，样式和填充样式中选择限制性酶和特征。

　　颜色主题-定义您自己的自定义颜色主题，并一遍又一遍地应用它。

　　选取框选取-将选择对象分组以快速设置所有样式。

　　线性和圆形视图-生成圆形和线性向量图。

　　缩放-放大以获得详细的图形，或缩小以获得概览。

　　文本-添加文本以注释质粒图谱。

　　印刷：

　　打印-打印矢量图，序列，详细的分析结果以及添加的序列注释。

　　序列分析：

　　ORF搜索-您可以在选定的阅读框中找到ORF，它们由选定的起始密码子和终止密码子标识，并符合指定的最小长度。现在，只需单击一个按钮，即可确保克隆后该结构仍在框架内。图形化的ORF显示屏随时可供参考和进一步分析。

　　序列翻译-翻译序列以模拟表达的蛋白质并检查可能的阅读框错误。

　　限制性内切酶分析-通过指定范围，您可以对完整序列以及片段进行限制性内切酶分析。限制酶分析的结果被映射在圆形或线性载体上，显示了限制酶切割位点的位置。

　　限制性位点映射-限制性位点映射是计划实验的第一步。SimVector可以完全控制所有关键参数，以进行限制酶分析。使用SimVector可以轻松进行限制位点映射。只需选择您想要使用的酶，进行分析，然后让SimVector绘制高质量的限制性酶切位点图即可。SimVector可以分析您的图谱中的1000多种限制酶和多达24种市售限制酶集。

　　限制酶过滤-通过突出端，识别位点长度和其他属性选择限制酶。

　　自定义限制酶组-创建您自己的酶组以进行重复分析。

软件特色

　　一个可帮助您模拟实验并创建出版物质量图的应用程序。

　　SimVector是用于绘制出版物和矢量目录质量图以及设计克隆实验的出色工具。

　　无论您是出售目录质量质粒图谱的公司，还是进行限制性或重组克隆实验，SimVector都将帮助您模拟实验并从头到尾创建出版物质量图。

　　使用SimVector可以绘制各种颜色，图案，字体和线型的圆形和线性矢量地图。

　　按照常规，用两种字体样式显示酶名称，并在斜体中显示细菌部分。在地图上的任意位置（包括功能注释），在单个文字中使用一种以上的字体样式和颜色。

安装方法

　　1、下载并解压软件，双击安装程序进入SimVector安装向导，单击【next】。

　　2、阅读软件许可协议，勾选【I accept the agreement】的选项，再进入下一步的安装。

　　3、使用条款，在继续之前，请阅读以下重要信息。

　　4、选择安装位置，用户可以选择默认的C:\Program Files (x86)\SimVector 4.6，也可以自定义。

　　5、正在安装SimVector，用户等待安装完成。

使用说明

　　质粒图谱

　　质粒图谱是图形表示质粒，即显示大可识别地标位置上的DNA等限制酶位点，感兴趣的基因，质粒名称及长度等

　　使用SimVector绘制质粒图

　　SimVector是绘制出版物质量质粒图谱的出色工具。然后可以使用图案，样式，线条和颜色来增强图形。SimVector为Adobe Illustrator 10和Microsoft PowerPoint 2002生成矢量图形格式的质粒图谱图像。

　　使用SimVector，您可以将GenBank注释转换为图形特征（线性和圆形序列图）

　　普拉斯玛德地图样本

　　质粒的定义

　　一种自我复制的染色体外元件，通常在某些细菌细胞中发现的一小段双链体DNA。质粒被用作将新基因导入细菌的载体，从而使外源“重组” DNA被细胞的蛋白质制造机器所识别。

　　限制分析

　　限制性酶切分析是根据特定的实验要求，使用适当的酶组和酶滤标准，鉴定DNA序列中的限制性酶切图谱位点。

　　限制酶

　　限制性酶是细菌酶，其构成细菌针对外源DNA的限制性修饰防御机制的一部分。他们可以识别特定的寡核苷酸序列，形成双链缺口，并生成DNA分子的独特片段。限制核酸内切酶由于其可控制，可预测，不频繁和定点切割DNA的性质，已被证明可作为在分子水平上解剖，分析和重新配置遗传信息的工具。细菌包含400多种此类酶，可识别和切割100多种不同的DNA序列。

　　限制酶切位点（识别位点）

　　限制性内切酶切割位点或识别位点是特定的限制性内切酶切割DNA的DNA的特定序列。一些限制位点可能在DNA中频繁出现，而某些限制位点可能不那么频繁出现。

　　SimVector中限制酶切割位点的图形化显示

　　限制图

　　通过各种限制性核酸内切酶可以切割的位点的位置来表征双链DNA。

　　用SimVector绘制质粒图

　　SimVector是绘制出版物质量质粒图谱的出色工具。然后可以使用图案，样式，线条和颜色来增强图形。可以以Web就绪图形格式导出图像以在Web上发布，也可以将其导出为Adobe Illustrator 10或Microsoft PowerPoint 2002的矢量图形。

　　使用SimVector绘制线性或圆形DNA序列图

　　您可以绘制两个圆形 或线性 使用SimVector绘制DNA序列图。它将沿着DNA序列图自动对齐您的特征，限制酶位点和att克隆位点。

　　使用SimVector绘制圆形质粒图

　　使用SimVector绘制线性质粒图

　　TA克隆功能

　　TA克隆是由某些类型的DNA聚合酶（例如Taq聚合酶）的末端转移酶活性引起的。该酶在PCR产物的每个末端添加一个3'-A突出端。结果，PCR产物可以被直接克隆到线性化的克隆载体中，所述线性化的克隆载体在每个末端具有单个碱基的3'-T突出端。这样的载体称为T-载体。将带有A突出端的PCR产物与该载体高比例混合。“ T”载体的互补突出端与PCR产物杂交。结果是重组DNA，重组是通过DNA连接酶实现的。

　　使用SimVector在Sillico TA中进行克隆

　　SimVector使设计TA克隆实验非常容易。TA克隆向导接受商业化T载体或限制性设计的T载体，将它们与修饰的PCR产物结合在一起，并生成高度准确的重组DNA质粒图谱。

　　SimVector执行的其他技术：

　　Gateway®克隆

　　使用SimVector，您可以执行Gateway®Cloning的 BP和LR反应。BP反应和产生进入克隆需要供体和表达载体。LR反应和生成表达载体需要入口和目的载体。

　　限制性克隆

　　这种克隆技术需要限制性内切酶来切割载体分子和要克隆的分子。SimVector可以进行限制酶分析，并允许您在所需序列上过滤，注释和定位限制酶。

　　限制酶分析

　　SimVector可以识别DNA序列中的限制性酶识别位点，以进行限制性位点作图。超过1000种限制酶的综合数据库用于限制分析。提供了两种酶过滤模式来指定限制分析的参数。酶过滤使您可以设置酶标准以符合您的实验要求。为方便起见，其中包括来自20多个商业提供商的酶组。

　　绘制准确的质粒图谱

　　SimVector是绘制出版物质量质粒图谱的出色工具。然后可以使用图案，样式，线条和颜色来增强图形。SimVector为Adobe Illustrator 10和Microsoft PowerPoint 2002生成矢量图形格式的质粒图谱图像。

常见问题

　　SimVector软件如何执行限制酶分析？

　　SimVector使用超过1000种限制酶的综合数据库进行限制分析。SimVector分析并绘制DNA序列图。通过指定范围，您可以对完整序列以及片段进行限制酶分析。限制酶分析的结果被映射在圆形或线性载体上，显示了限制酶切割位点的位置。研究人员可以使用SimVector对线性或环状 DNA 进行单酶或多酶分析。输入序列可以从文件上传，粘贴或从NCBI链接中检索，并可以根据用户设置的参数进行分析。

　　SimVector如何代表限制性酶切位点？

　　精通网络的SimVector始终仅显示有关任何限制酶的最新信息。它允许用户在DNA序列上定位限制酶位点并过滤结果，以在限定的区域内显示独特的切割酶，非切割酶或消化位点。它使研究人员可以定义自定义酶或创建自定义酶集。研究人员可以使用市售的限制性内切酶组或定义常规的限制性内切酶组。可以通过属性过滤，通过手动添加酶或通过添加或删除酶来修改现有集来从任何可用集创建定制酶集。限制酶可以通过其属性（例如识别位点和突出类型）或通过手动选择酶来从酶集中过滤掉。