shelXle(三维结构编辑器)

　　ShelXle是一款功能强大的三维结构编辑器，旨在为用户提供SHELXL的图形用户界面，这是一种晶体结构优化工具。它包括一个语法突出显示器和一个编辑器，使用户能够更轻松地处理INS和RES文件。在功能上，该程序还支持自动H-Fix、与WAVElength的偏差、将重心移到晶胞中、更新UNIT指令、更新WGHT指令、对文件中的原子排序、从Fo-Fc映射创建Q-峰、更改背景颜色、更改标签颜色、更改标签字体等多种功能，为您带来完善的3D晶体结构编辑解决方案，有需要的朋友赶紧下载吧！

软件功能

　　可视化，管理和编辑原子的三维结构，能够通过SHELXL界面自定义其外观的各个方面。

　　可视化三维结构，包括电子密度（Fo）和不同密度（Fo-Fc）地图。

　　内置的编辑器使用户可以完全控制SHELXLinput文件。

　　这意味着可以直接添加更高级的SHELXL命令。

　　但是，常规结构细化中的许多任务可能是重复性的且耗时的，因此ShelXle提供了加速其中某些功能的功能。

　　例如，使用建议的加权方案或更新UNIT指令中的单元格内容以使其与原子列表一致。

　　完成所有必要的更改后，选择适当的菜单选项或按功能键“ F2”使当前编辑的.res文件变为保存为.ins文件并启动SHELXLrefinement作业。

　　细化可以在输出窗口中进行，突出显示重要项目以提高可读性。

　　细化完成后，用户可以选择更新编辑器窗口还是放弃结果。

　　如果在优化过程中发生了严重错误，则会阻止更新，以防止发生意外。

　　有时会发生分子位于主晶胞外部且分子为0 x 1、0 y 1、0 z 1的情况。用checkCIF优化结果。可选地，ShelXle应用一种算法将每个分子的重心移至主要的晶胞中，同时确保分子彼此之间尽可能接近。

　　也可以从ShelXle中调用其他程序，例如PLATON（Spek，2009）可以在完善之前进行诊断，或者制作ORTEP（Johnson＆Burnett，1996）样式图等，以替代ShelXle提供的屏幕截图。

　　ShelXle的特点包括直观的原子（重）命名、强耦合的编辑器、在各种单声道和立体声模式下的结构可视化，以及一种在特殊位置上显示无序扩展的新方法。

软件特色

　　清晰实用

　　就外观而言，该应用程序显示出相当简单易用的外观，其大部分功能都非常直观，但完全依赖于预先存在的与SHELXL相关的输入和输出文件。

　　借助菜单来整齐地组织其功能，并使用功能区按钮来进行快速访问，ShelXle允许用户单击几下即可加载要使用的文件，然后开始对其进行修改。

　　使用此SHELXL GUI自定义和编辑三维晶体结构中的原子

　　要开始使用，用户需要以自己想要的方式，以INS或RES格式导入希望处理的文件。但是，ShelXle没有附带任何示例，这使新手很难掌握它，因此需要对帮助文档进行非常彻底的分析。

　　一旦将三维晶体结构文件加载到实用程序中，用户就可以开始调整原子的“样式”，修改“键强度”，“详细程度”，“ QPeak大小”，“最大H-受体距离”和“最小H键角度”值。而且，他们可以编辑原子的类型和颜色以及其他几个参数。

　　功能区按钮允许用户添加“ Tubes”，“ Ball-sticks”或切换“ ADP”，“ Bonds”，“ Labels”，“ Unit Cells”或“ H-Bonds”。同样，根据他们的特殊需要，它们可以在正交投影和中央透视投影之间交替。

　　用于编辑3D晶体结构的有用GUI

　　总而言之，ShelXle被证明是一种高效且方便的工具，化学爱好者可以依靠它来编辑3D晶体结构的外观，从而使他们能够动态自定义原子的外观。

安装方法

　　1、下载并解压软件，双击安装程序进入欢迎安装shelxle的界面。

　　2、阅读许可协议，点击【I agree】按钮同意并进入下一步的安装。

　　3、选择安装组件，用户选择默认的组件即可。

　　4、选择安装位置，用户可以选择默认的C:\Users\CS\AppData\Local\shelxle，也可以自定义。

　　5、选择开始菜单文件夹，用户可以选择默认的shelxle，点击【install】按钮开始进行安装。

　　6、弹出shelxle安装成功的提示，点击【finish】结束安装。

使用说明

　　特殊处理差分电子密度最大值（“ Qpeaks”）

　　Q峰可视化为小颜色编码的二十面体。 Q峰的颜色与峰高相对应。 一个单独的Q峰列表显示了颜色和峰高之间的对应关系。 通过将鼠标移到该列表上，突出显示具有相同峰高的Q峰的标签。 如果鼠标指针悬停在Q峰上方，则表示其高度的区域将在列表中突出显示。 低于某个阈值的Qpeak可以通过单击Q-peak列表暂时隐藏。 一旦以这种方式隐藏了一些Q峰，就可以通过在鼠标指针位于列表上方时用鼠标滚轮滚动来调整截止值。

　　加H原子

　　通过在正在编辑的文件中生成相应的AFIX指令，ShelXle中的“添加H原子”功能会自动放置氢原子。 如果有Fo-Fc图可用，则可以使用与SHELXL中的“ HFIX 137”命令相似的方式，使用差电子密度查找CH3基团中H原子的最佳位置。 由于甲基通常是无序的，因此有一种设施可以将六个H原子放置在理想位置，并使用一个自动生成的附加自由变量来完善一个占用参数来描述无序。 图2说明了正确放置H原子时电子密度差的有用性。

　　编辑器：语法高亮和代码字完成

　　ShelXle的核心功能之一是编辑器及其执行语法突出显示功能。所有已知的SHELXL命令都以相同的方式突出显示（深红色到浅绿色）。永久注释（REM卡或后跟“！”）以蓝色显示，而临时注释（当前一行不以'=结束时以空格开头的行）显示为深蓝色并带有下划线。长度超过80个字符的行以红色背景色标记，因为SHELXL会忽略第80列之后的字符（与打孔卡不兼容）。输入新行的前一个或两个字符后，将打开一个代码完成功能，建议以给定字母开头的命令。敲击“ enter”键接受建议，将命令以大写字母插入（无论是否以大写字母输入）。注意保持“ SHELXL”的定义功能“自由变量”。当编辑器窗口中的数字隐式引用一个自由变量并且鼠标指针悬停在该变量上几秒钟时，将出现一个带有解释的弹出窗口。类似地，当将鼠标放在以'A'开头的一行上时，将给出每个SHELXL命令的简短描述。如果在编辑器中选择了包含原子的线，则在编辑器中的选定区域中右键单击即可实现原子选择。编辑器还配备了“搜索和替换”工具，该工具会以黄色突出显示编辑器中的匹配项。还可以选择整个零件（“ PART”）和残渣（“ RESI”）。该功能允许选择无序的PARTs，既可以单独选择也可以与订购的PART结合使用。还可以使用残基列表选择残基。此外，还提供用于重新布置窗户的设施。当需要时，或在执行优化之前，三维显示和编辑器将同步并保存编辑器内容。更多深奥的SHELXL指令-例如FRAG ... FEND或L.S.上的第三个数字命令–可以使用编辑器轻松添加。

　　信息窗口

　　收集所有文本输出并将其显示在信息窗口中。 将结构中发现的氢键制成表格。 该窗口的内容在内部以HTML格式存储； 它的任何部分都可以轻松地被标记，复制并粘贴到文字处理程序中。 距离，角度，扭转角和均方位移幅值的差异（DMSDA; Hirshfeld，1976; Rosenfield et al。，1978）可能会显示在信息窗口中，并在适当的地方显示晶体对称算子。 自由变量的值及其使用频率也可以在信息窗口中找到，电子密度图的统计细节也可以找到。

　　标记和重命名原子

　　选择“重命名模式”后，会弹出一个窗口，显示元素类型，数字索引和后缀。通过单击原子或Q峰，这些值将应用于该原子，并且数值索引将增加1。也可以使用此模式设置PART号，残基编号和残基名称。当应用不等于零的PARTnumbers时，可以选择将占用率与一个自由变量（或一个减去自由变量）联系起来。如果尚未定义free变量，则将其生成并插入到FVAR指令中。原始原子记录保留为临时注释。如果现有原子具有相同的原子名称，PART和RESI号组合，则新原子名称的颜色将变为红色，以警告用户；否则，警告用户。当组合唯一时，原子名称为绿色。允许用户创建重复原子，但应在开始下一次精制之前解决此类SHELXL不兼容问题。当不对称单元中存在多个化学相同的分子时，ShelXle提供了一种以与第一个相同的方式标记后续分子的选项。每个相同的分子被赋予不同的残基数。这是通过半自动方式实现的，用户可以通过“拖放”对话框将目标分子的原子分配为与源分子的指定原子等效。图3说明了显示接近对称元素的无序“ PART -1”分子的方式。