mriCroN-医学影像分析软件下载 v4.0 绿色版

　　mriCroN是一款著名的医学影像分析软件，旨在帮助用户通过简单的方式查看医学影像，其能够支持VOI颜色、强度过滤器、用VOI掩盖图像、叠加比较、统计、3D平滑叠加、2D全部平滑、翻转L/R、十字线、MNI坐标、地标等多种强大的功能，协助用户查看与分析医学图像，该软件还内置了一个dcm2nii程序，用户可以将扫描仪图像（DICOM）转换为NIfTI格式。支持绘制感兴趣的区域和统计数据，从而查看病变症状映射，另外，用户还可以执行查看fMRI数据集、批处理和初始化文件等操作。

软件功能

　　MRIcron是一款用户友好且高效的软件，旨在帮助您查看具有多层分层的医学影像，支持HDR，NII和VOI格式，从而使您能够轻松分析扫描，X射线和其他类似文件。

　　使用便携式工具的好处

　　在下载过程之后，您可以解压缩存档并立即启动应用程序，因为没有必要将其安装到您的计算机上以使其正常运行。

　　因此，您可以将MRIcron存储在USB记忆棒或其他便携式存储设备上，随身携带，在所有兼容系统，工作或家中运行，没有任何问题。

　　简单易用的界面

　　MRIcron的界面非常容易处理，这意味着您不需要很多先前的经验来使用它。主工具栏包含您可能想要使用的所有组件，例如“Toggle Crosshairs”，“钢笔工具”或“填充工具”。

　　此外，该程序为您提供了几个菜单，例如“覆盖”，“绘图”，“查看”或“编辑”，使您可以调整医学图像的显示，并分析您感兴趣的区域。

软件特色

　　MRIcron允许您从“文件”菜单中打开所需的文档，将其加载到主窗口中，并让您在三个不同的面板中在X，Y和Z轴上查看它。

　　可用的视图模式是“轴向”，“冠状”，“矢状”或“多个”。

　　使用鼠标光标，您可以移动图片并进行调整，以便访问和分析某个图层。

　　此外，MRIcron为您提供了一个“MultiSlice”功能，可以为医学图像的各个部分创建单独的照片，将它们排成队列，以帮助您更快速地比较它们。

　　总而言之，MRIcron是一种可靠且易于使用的实用程序，当您需要使用扫描，X射线和其他类似的医学图像时，您可以使用它，使您可以在很短的时间内完成分析。

使用说明

　　主窗口

　　我试图使MRIcron主窗口尽可能有用但简单。虽然这些选项最初可能会让人感到困惑，但我希望随着时间的推移软件会让人觉得直观示例窗口如下所示。您可以通过启动软件获得类似的视图，选择File / OpenTemplates / ch2bet加载背景图像（显示为灰度脑），然后选择Overlay / Add并打开图像\ Template \ attention。

　　工具栏上的控件可以快速访问大脑成像的主要工具。X / Y / Z数字设置要观察的切片（X指向左/右，Y指向前/后，Z指向上/下）。调整这些值将改变显示的矢状，冠状和轴向切片。下一项是缩放系数。这里图像被缩放为“适合” - 例如，大脑的每个视图被拉伸以最佳地填充其面板。或者，您可以选择x1（100％），x2（200％）或x3（300％）缩放系数。下一系列按钮指的是活动层（下一节中的更多层次）。在下面的示例中，当前活动图层是图像'注意'，并且此图像显示为红色渐变，最小值为1.96到4.在此示例中，注意力是一个统计的Z分数图，它被放置在大脑的背景图像之上。未显示小于1.96的统计值，最暗值设置为4。

　　此图像显示了一个示例渲染。您可以通过运行MRIcron附带的fmri.bat文件来查看类似的图像。

　　图层

　　使用“文件”菜单的“打开”命令（“打开”，“打开最近”和“打开模板”）时，您将选择背景图像。使MRIcron强大的是它能够加载多层图像。要在背景上添加其他图像，只需从“叠加”菜单中选择“添加”即可。例如，启动MRIcron并选择'File \ Open templates \ ch2bet'，然后选择'Overlay / Add'并从'Example'文件夹中选择'attention.nii.gz'图像（通常，此文件夹安装在C中）：\ program files \ mricron \ examples）。现在你应该在背景解剖图像上看到一个大脑激活统计图。请注意，叠加图像会缩放以映射到背景图像之上。您可以使用图层面板调整每个图层的外观：

　　请注意，您可以单击覆盖面板中最左侧的按钮以在打开的图层之间进行选择 - 例如，上图显示“背景”图像的设置，以及名为“saccades”的叠加图像。请注意，使用灰度颜色方案，背景的图像强度范围为45到120。这意味着45或更低的值将显示为完全黑色，120和更高的值将是白色，中间强度显示为相应的灰度值。还有一个带有色标和数字零的图标：这允许您将颜色范围设置为零，即使您的阈值大于零：例如，我们的统计地图'saccades'设置为显示2.3的值到6：不会显示小于2.3的值。但是，由于'颜色范围从零'

　　MRIcron允许您为每一层选择不同的颜色方案。在上面的示例中，背景图像使用“灰度”黑白颜色方案显示，而扫视覆盖图使用红色方案。您可以通过在“LUT”文件夹中添加或删除文件来增加或减少可用的颜色方案（此“查找表”文件夹与MRIcron位于同一路径中）。此文件夹通常包含多个* .lut文件，每个文件存储不同的颜色方案。例如，blackbdy.lut'文件描述的颜色方案从黑色到橙色到黄色，最后是白色。MRIcron的* .lut文件可与ImageJ，XMedCon，MRIcro使用的* .lut文件互换。您可以将* .lut文件从这些程序复制到MRIcron的LUT文件夹中。此外，ImageJ的LUT面板插件，ImageJ的LUT编辑器或我自己的LUTmaker。

　　请注意，“叠加”菜单还允许您修改图层的显示方式。例如，在下面的图像'A'上，我选择了Overlay / TransparencyOnBackground / 0％[Opaque]，而对于图像B，我将透明度设置为50％。另请注意，您可以同时加载多个叠加层。例如，下面的图像C和D显示'注意'和'扫视'文件都叠加在ch2bet之上 - 注意显示为绿色，扫视显示为红色。对于图像C，我设置了Overlay / TransparencyOnOtherOverlays / 50％，而对于图D，这已经设置为'Additive'（因此红色和绿色的区域都显示为黄色）。

　　渲染窗口

　　从MRIcron的主窗口中，您可以选择“窗口/渲染”以查看数据的体积渲染。您可以通过调整Aizmuth和Elevation值来更改图像的视角。背景菜单允许您调整背景图像的位置，而背景菜单允许您确定叠加的显示方式。至关重要的是，Overlay / SearchDepth将调整渲染是否显示表面覆盖（例如，4的设置仅在背景图像的前4个体素内看[例如，如果您的背景图像具有1mm的重新形成，则在前4mm内），而设置为“无限”将显示叠加，无论其深度如何。另外一个关键是Background / BehindOverlay菜单项 - 如果选中，软件只会开始寻找背景表面后面的叠加层。另一方面，如果此值，叠加层将不受背景图像的约束（例如，您将能够查看比背景更接近的叠加层）。您可以通过选择文件/保存设置来保存首选设置。此信息将保存在'render'文件夹中，您可以通过选择File / OpenSettings来选择它们。

　　此图像显示了一个示例渲染。您可以通过运行MRIcron附带的fmri.bat文件来查看此图像。

　　Multislice窗口

　　从MRIcron的主窗口中，您可以选择Window / Multislice来查看多层窗口。然后，您将看到一系列当前打开的卷的切片。在Multislice表单中，您可以使用View meanu来调整设置 - 例如，选择是否要查看矢状，冠状或轴向图像，以及选择所需切片和相邻切片之间的重叠。您也可以选择文件/保存设置来保存您喜欢的视图（以前的设置将列在文件/ OpenSettings下）。

　　此图显示了样本multslice图像。您可以通过运行MRIcron 附带的fmri.bat文件来查看此图像。加载MRIcron后，选择Window / Multislice。请注意，您可以调整切片之间的重叠量以及切片方向。另外，您可以选择要显示的切片。

　　病变测绘

　　MRIcron为绘制脑损伤区域提供了简单的工具。但是，至关重要的是，我们的所有病变图都使用相同的图像尺寸和方向绘制。因此，我们应该在标准模板上绘制所有病变（例如File / OpenTemplates / CH2），或者我们需要首先规范化所有扫描，使它们共同配准，然后使用File / Open打开每次扫描。

　　启动MRIcron并打开扫描（文件/打开或文件/ OpenTemplate）

　　选择绘图工具（这些工具列在“绘图”菜单的底部，例如“笔”工具）。

　　绘制您的区域 - 例如，如果您使用'Autoclose Pen'工具，只需单击并绘制脑损伤的边界即可。要填充封闭区域，只需在区域中心移动+单击即可。要删除部分图形，请按住Shift键。

　　对存在病变的所有切片重复步骤3（例如，您可以调整左上角显示的X，Y，Z数字以选择所需切片。请注意，您还可以使用鼠标滚轮选择切片。

　　完成绘制脑损伤区域后，选择绘制/保存视图以保存病变图的副本。

　　指定设计

　　让我们自己使用我们将要分析的数据集。

　　启动NPM并打开设计窗口（VLSM / Design ...）。将出现一个speadsheet。选择文件/打开并查看文件continuous.val。每行显示每个患者的表现，例如患者1识别出2个项目，而患者2检测到44个项目。请注意，使用此软件，分数越高，表现越好。如果您有二项式数据（性能属于两个不连续的分类），您应该表示存在0为0的缺陷和1的健康性能。请注意，左列中列出的文件名和右栏中的性能始终对应于同一患者。

　　我们需要首先描述病变图并命名行为表现指标。选择View / Design以显示描述窗口。

　　预测因子：显示行为测量的数量 - 这里我们只检查字母取消性能。

　　预测变量名称：对于每个预测变量，插入一个易于记忆的名称，例如，对于我们的字母查找任务，“取消”。

　　您可以通过按“选择图像”按钮从所有参与者中选择病变图来选择病变图的文件名。您应该同时选择所有图像，并且所有图像都应放在一个文件夹中（例如，您的病变图可能是C：\ dataset \ 1.voi，C：\ dataset \ 2.voi等）。病变图像可以是MRIcron VOI，NIfTI .nii，压缩NIfTI .nii.gz或Analyze（.hdr / .img）格式。如果选择图像，请确保文件名与患者表现相匹配，如步骤1中所述。

　　您还可以设置先验最小病变密度阈值。例如，在分析22个人时设置10％的值意味着仅计算超过2人受损的体素的统计数据。此阈值的大量数字可以增加您的统计功效，因为您只会计算通常受伤的体素的统计数据。然而，较大的值将无法检测到很少受损的区域，这些区域是可靠的赤字预测因子。请注意，此值基于体素中病变的总发生率，与行为表现无关。

　　计算结果

　　接下来，我们计算统计结果。您可以通过选择MRIcron的Draw / Statistics菜单中的项目来进行一些统计。然而，在这里我们描述了使用NPM中尚未提供的一些新功能 - 特别是，NPM可以进行排列阈值处理和Brunner和Munzel测试。要执行这些统计信息，您需要下载并安装npm.exe - 这仅适用于Windows操作系统。

　　首先转到“选项”菜单，将排列设置为“ 无”。置换阈值可能是有用的，但它将比正常的假发现率校正阈值至少长1000倍，并且通常不太敏感。因此，首先浏览一下您的数据，请关闭此功能。

　　用于分析连续数据：

　　转到“选项”菜单并单击“测试” - 确保选中“Brunner Munzel”并取消选中 t测试。我们的数据不是正态分布的，因此我们将使用非参数测试（使用置换的Brunner Munzel排序顺序统计）。

　　单击VLSM / BinaryImagesContinuousGroups命令。选择continuous.val文件。

　　用于分析二项式数据：

　　单击VLSM / BinaryImagesBinaryGroups命令。选择binomial.val文件。这将使用Liebermeister测量（比Chi-Squared或Fisher's Exact测试更敏感的二项式测试，参见Seneta和Phipps，2001; Phipps，2003）。

　　NPM现在将计算所请求的测试。它将创建所有患者的重叠图像（例如sum.nii.gz）和统计图（BM.nii.gz表示连续数据，L.nii.gz表示二项式数据）。

　　查看结果

　　我们可以打开生成的统计图并将它们放在解剖扫描的顶部。如果您的病变图与立体定位的MNI空间对齐，您可以在其中一个标准模板（File / OpenTemplates / ch2）上打开它们。这是一个快速指南：

　　启动MRIcron并选择File / OpenTemplates / ch2bet作为我们的背景图像

　　选择Overlay / Add并选择在上一步中创建的统计图（例如C：\ dataset \ binL.nii.gz）。

　　当MRIcron检测到统计图时，它会计算每个测试的p值，以确定错误发现率（FDR）阈值 - 例如，您的数据中存在多少可靠信号。MRIcron显示Z分数的直方图。请注意，在下面的示例中，大多数数据具有正Z分数，表明信号强劲（如果我们的数据仅仅是噪声，我们应该看到一个均值为0的钟形分布，而不是平均Z分数大约为2）。

　　接下来，MRIcron显示叠加层。请注意，在屏幕底部，软件会报告关键值：p05 / p01值对应于未校正p <0.05和p <0.01值非常宽松（这些测试会产生许多错误警报，例如我们已经进行了16082次测试，所以p05应该导致许多误报）。fwe05和fwe01值对应于Bonferroni校正值：此测试非常保守，您通常无法检测到实际效果。FDR05和FDR01结果反映了虚假发现率 - 例如，FDR05应该显示每个误报的大约20个实际激活。请注意，当信号很少或没有信号时，FDR与Bonferroni一样保守，但它适用于数据集中的实际信号。请注意，您可以选择叠加层的图像阈值和截止值。请注意，默认情况下，我的软件会加载具有FDR05到FDR01阈值的统计图，除非信号不足，在这种情况下它使用未校正的0.05 ... 0.01值。另请注意，当前叠加设置为以单色红色方案显示。