ChemBio3D Ultra(化学绘图软件)

　　chembio3d是一款化学绘图软件，可以通过这款软件帮助用户设计多种化学图形，例如设计化学分子图，设计化学反应图，您可以构建，可视化和分析化学结构的3D模型，可以将ChemBio3D模型导入到桌面发布工具中或显示在Web上，ChemBio3D附带了GAMESS，并附带了量子量，提供额外的计算引擎，可以在软件分析生物数据；提供CS MOPAC计算模块，CSMOPAC进行半经验计算的原子和分子确定分子结构和特性的详细信息，有两个CSMOPAC选项可用：CSMOPACUltra和CSMOPACPro，CSMOPACU包含MOPAC的所有功能，并且只能作为可选插件使用，CSMOPACUltra提供了对高级功能的支持，例如MOZYME和PM5方法。

软件功能

　　1、可视化建模

　　通过3D建模、可视化和计算等功能，科学家能够更好、更快地确定出研究重点，从而提高生产力，快速达成研究目标。学生则可以使用ChemBio3D Ultra官方版更加深入地认识分子的3D空间结构及对其属性所产生的影响。

　　2、2D与3D模式结构互换

　　ChemBio 3D集成ChemBioDraw，可简化2D和3D模式之间的结构互换，科学家能够研究小分子和生化制剂的三维形状及属性，并且使合成化学家与计算化学家之间的交流更有效和开放。

　　3、丰富的应用接口

　　ChemBio 3D经济实用，充分满足大多数科学工作者的需求，同时也能提供与其它应用程序的接口，满足用户对更高级功能的需求。这款程序在普通桌面系统上即可运行，无需配备高性能和高端制图功能的系统。

　　4、兼容多款程序、准确预测结果

　　ChemBio 3D包括多个可选版本，如半经验建模程序MOPAC、半经验和从头开始的Gaussian分子轨道计算，并可连接到从头计算程序GAMESS以及可处理柔性配体的自动对接程序AutoDock。

　　5、显示charges

　　ChemBio3D也显示在ChemDraw绘图中，ChemBio3D会显示形式的带电荷的原子，如果该原子具有不同的位置，

软件特色

　　1、制作结构。这是ChemBio3D Ultra 14.0身为化学绘图软件第一重要的功能

　　2、立体旋转。立体选装即为动态演示功能，选择围绕X、Y还是Z轴旋转后，按下F5或Ctrl+F5组合键即可使结构旋转。

　　3、读取ChemDraw结构信息。ChemBio3D的立体信息和ChemDraw的平面结构是可以相互转化的。

　　4、量化结构。ChemBio3D的Calculations菜单下有很多命令可以用于量化结构，进行结构优化计算

　　5、兼容其他软件。ChemBio3D Ultra 14.0拥有较好的兼容性，除了兼容一系列的ChemDraw软件还与数种量子化学软件兼容，可结合在一起使用。

安装方法

　　1、打开ChemBio3DUltra140_Trial.exe软件直接启动安装，点击下一步

　　2、提示软件的安装协议内容，阅读协议完毕点击下一步，可以拖动协议到结束，鼠标往下滚动浏览到最后

　　3、软件的安装地址C:\Program Files (x86)\CambridgeSoft\ChemOffice2014

　　4、这里是软件的安装内容，点击下一步

　　5、相关的插件安装，默认就可以了

　　6、软件的安装内容，直接点击install执行安装

　　7、提示三个项目安装结束，点击finish结束

　　8、打开chembio3d软件就可以正常使用，软件是试用版本

　　9、起源中心模型、原产地中心选择、X轴的Alian模型、Y轴的Alian模型、使模型与轴对齐、使模型与X-Y平面对齐

　　10、重复MM2作业、运行MM2作业、设置MM2 Atom类型和费用、减少能源、分子动力学、计算属性、显示使用的参数

官方教程

　　解决方法

　　本节介绍具有各种屏幕元素及其用法的图形用户界面（GUI）。

　　主屏幕：A）模型窗口; B）主菜单; C）工具栏; D）ChemDrawpaneltab; E）StructureBrowsertab; F）ModelExplorertab; G）Statusbar; H）Outputwindow。

　　模型窗口。 您在其中构建和查看模型的工作空间。 主菜单。 包括用于构建和查看模型，运行计算以及显示化学特性所需的所有工具。在上下文菜单中也可以使用许多菜单选项。 工具栏。 包含可以为许多常用功能提供快捷方式的图标。您可以在屏幕上的任何位置单击并拖动工具栏。

　　ChemDrawpanel。

　　让您以二维方式创建或修改模型的图形。 StructureBrowser。 让您浏览模型列表中的结构列表并查看每个窗口。 模型资源管理器。 显示模型的层次结构树表示形式。该模型可用于处理蛋白质等复杂分子。 状态栏。 显示有关您的模式陆地隐藏的原子的活动框架的信息。 输出窗口。 显示文本结果，例如计算结果。

　　模型窗口

　　您可以在模型窗口中构建模型。每个模型文件都可以打开或创建一个新选项卡。选择目录以激活您要查看的模型。文件名旁边的星号表示自上次进行更改以来该文件没有被删除。

　　模型浏览器

　　默认情况下，模型爆炸风险会折叠并以垂直对齐的方式出现。当您将鼠标悬停在模型浏览器选项卡上时，模型浏览器窗口会出现并显示当前显示模型的更高级的树状表示形式。

　　样本文件

　　ChemBio3D包括丰富的样本文件，可帮助您学习如何构建和研究分子模型，包括生物和无机结构。 要打开一个示例文件，请转到“文件”>“示例文件”，然后从以下组中选择一个文件：

　　使用邦定工具更改邦定顺序

　　要使用辅助工具更改债券定单：

　　1.选择对象工具（顺序不同）。

　　2.单击并拖动一个原子到另一个原子。

　　使用命令更改债券定单要使用命令更改债券定单：

　　1.右键单击绑定。绑定将变为黄色。

　　2.指向设置债券定单，然后选择债券定单。

　　通过更改键极端的原子的类型来更改键序

　　此方法仅适用于将更高的键序更改为更低的键序。如果您应用此方法将更低的键序更改为更高的键序，则单键生成后，氢价就完成了。 通过在键的任何一端更改原子类型来更改键的顺序

　　1.单击从文本生成工具A。

　　2.单击要更改其顺序的键上附着的原子。

　　3.输入将替换所选原子的新原子类型。在以下示例中，请戴上碘（I）代替碳（C）。

　　4.按Enter。键更改存储区的键将选择新的原子类型。

　　通过接近粘合

　　彼此之间在指定距离（键附近）内的原子可以自动键合。

　　ChemBio3D根据其直角坐标和标准键长测量结果确定两个原子是否相邻。

　　彼此之间的距离小于标准键长加上一定百分比的原子对被认为是最接近的。百分比值越低，原子必须离标准键长越近才能被认为是最接近的。标准粘合长度存储在“粘合拉伸参数”表中。

　　设置百分比值：

　　1.转到文件>模型设置。出现“模型设置”对话框。

　　2.选择“模型构建”选项卡。

　　3.在出现以下情况时，使用“键值接近附加百分比”滑块调整添加到标准键长的百分比。

　　ChemBio3D评估原子对的接近度。

　　您可以在0到100％之间调整值。例如，如果该值为50，则如果两个原子之间的距离不大于连接它们的键的标准长度的50％以上，则认为两个原子最接近。如果值为零，则仅当两个原子之间的距离不大于连接它们的键的标准键长时，才认为它们相邻。

　　在相邻原子之间创建键：

　　1.选择要在其之间创建键的原子。

　　2.转到结构>债券附近。

　　如果两个选定原子最接近，则会创建一个键。

　　设定测量

　　建立模型时，ChemBio3D使用一组标准的长度和角度测量值来确定原子相对于何处的位置。 您可以根据需要覆盖标准测量。

　　要查看模型中使用的标准尺寸，请转至“结构”>“尺寸”>“全部生成”（键长或键角）。 标准测量值出现在“测量”表的“最佳”（或“平衡”）列中。 要在模型中编辑测量值，请在测量表的“实际”列中替换所需的值，然后按Enter。

　　设定键长

　　您可以设置两个共享共价键，离子键或氢键的原子之间的长度。

　　设置两个原子之间键的长度：

　　1.选择两个原子

　　2.转到结构>测量>显示距离测量。出现测量表，显示原子之间的距离。

　　3.单击并在“实际”列中编辑值。

　　4.按ENTER。

　　设定键角

　　设置粘合角：

　　1.选择定义角度的三个连续原子。

　　2.转到结构>测量>显示粘结角测量。出现测量表，显示角度值。

　　3.单击并在“实际”列中编辑值。

　　4.按ENTER。

　　设定二面角

　　设置二面角：

　　1.选择定义二面角的四个连续原子。

　　注意：键旋转时，您选择的第一个原子将移动。

　　2.转到结构>测量>显示二面体测量。出现测量表，显示角度值。

　　3.单击并在“实际”列中编辑值。

　　4.按ENTER。

　　设定近距离接触

　　不共享键的原子被视为紧密接触。

　　设置两个紧密接触原子之间的距离：

　　1.选择两个不共享键的原子。

　　注意：在设置所选原子之间的距离时，最后选择的原子将移动。

　　2.转到结构>测量>显示距离测量。出现测量表，显示两个原子之间的距离。

　　3.单击并在“实际”列中编辑值。

　　4.按ENTER。

　　注意：您还可以使用“移动对象”工具移动原子。测量表将自动更新以反映其新位置。

　　原子运动

　　更改测量值时，您选择的最后一个原子会移动。 ChemBio3D重新定位连接到移动原子的原子，并排除连接到其他选定原子的原子。

　　如果测量中的所有原子都在一个环中，则移动原子的集合将生成如下：

　　仅一个描述测量的选定原子移动。

　　如果设置两个原子之间的键长或键长，则与固定的选定原子键合的所有原子都不会移动。 结合到移动原子上的任何原子都会移动。

　　如果选中了“模型构建”选项卡中的“校正”复选框（转到“文件”>“模型设置”，然后选择“模型构建”选项卡），则也可以重新放置相对于移动的原子定位的整流原子。

　　例如，考虑以下结构：

　　建立模型后，您可以通过以下三种方法在Kekule和取消本地化的绑定之间切换：在模型窗口中，键入CTRL + K。 转到“视图”>“模型显示”>“非本地化债券”并选择一个选项。 转到“文件”>“模型设置”>“模型显示”：tabandselect（或取消选择）将脱本地化的键显示为虚线。 设置选择颜色默认情况下，选中的原子和键以黄色突出显示。您可以在“模型设置”对话框中更改默认选择颜色。

　　如果将键角C（1）-C（2）-C（3）设置为108度，则C（3）成为移动原子。 C（1）和C（2）保持不变。 H（11）和H（12）之所以运动，是因为它们与运动的原子键合。 如果选中“自动校正”复选框，则H（10）可能会移动，因为它是一个整流原子并且相对于C（3）定位。

　　设定约束

　　您可以通过设置约束来覆盖ChemBio3D用于定位原子的标准测量。 您可以对特定的键长，键角，二面角或非键合距离使用约束。 当您使用“清理”或执行对齐，覆盖或MM2时，然后应用约束而不是标准测量

　　计算。

　　要设置约束，请在“测量”表的“最佳”字段中输入一个新值。

　　对于二面角和非键合距离，约束可以使测量保持不变（或几乎保持不变），而模型的其余部分可以通过计算来更改。 约束不会从计算中删除原子。

　　原子和建筑物类型

　　构造类型定义了模型的结构-键长度，键角度以及它们所拥有的原子的相对大小。 默认情况下，当您使用一组预定义的建筑类型构建模型时，ChemBio3D会分配建筑类型。 但是，您也可以创建自己的建筑类型。

　　建筑类型定义模型的结构方面，原子类型定义属性，例如键能，热特性和其他非结构特性。 力场使用这些数据来计算模型的属性并预测模型的行为。

　　力场计算会考虑模型中每个原子的类型，原子位置以及该原子所属的官能团。 例如，羧基碳原子与烷基碳原子类型不同

　　关于正确的原子类型。正确的原子类型确定在构建时是否将原子类型分配给每个原子。原子类型（例如C Alkane）指定原子的化合价，键长，键角和几何形状。

　　建筑类型特征

　　原子的特征必须与这些类型特征相匹配，以便ChemBio3D将建筑物类型分配给原子。

　　原子符号。

　　绑定类型（如果为建筑物类型指定）。

　　绑定顺序（如果指定了绑定类型）。

　　双键，三键和离域键的数量。

　　注意：为了比较键序，可以将包含一个双键的建筑类型分配给包含两个离域键的原子，例如在苯中。

　　如果指定了建筑类型的最大环尺寸字段，则原子必须在该尺寸或更小的环中才能分配相应的建筑类型。

　　如果一个原子所键合的配体少于建筑物类型几何体指定的数量，但指定了整流类型，则可以将该原子分配给该建筑物类型。开价充满了整流原子。

　　例如，考虑一下乙酸的结构类型：

　　O（3）匹配为建筑类型O Carbonyl指定的标准。具体来说，它被标记为“ O”，它通过双键与C车碳原子键相连；并且，它恰好与一个双键相连，没有三键。

　　如果一个原子可以分配给多个建筑物类型，则建筑物类型按以下顺序分配：

　　1.建筑类型，其绑定类型已指定且与它们的纠正类型不同。

　　2.建筑类型，其绑定类型已指定且与它们的更正类型相同。

　　3.未指定绑定类型的建筑物类型。

　　例如，在上面描述的模型中，O（4）可能是几种建筑类型之一。首先，它可以是未指定其绑定类型的O Etheratom（优先级为3）。或者，它可以是O型酒精，其键合类型与精馏类型H型酒精相同（上述优先级为2）。第三种可能性是O羧基，其键合类型为C羰基，精馏类型为H羧基（优先级为1）。

　　由于指定的绑定类型的特性与精馏类型（上面的优先级列表中的数字1）不同，因此优先于其他两种可能性，因此将O羧基构建类型分配给了氧原子。

　　改变建筑类型

　　您可以使用文本框更改建筑物类型和粘结特征。 例如，您可以将烷烃更改为烯烃。

　　要更改某些原子的建筑物类型：

　　1.使用“从文本生成”工具单击碳原子。 出现一个文本框。

　　2.按住SHIFT键并单击相邻的碳原子。 选择两个原子。

　　3.在文本框中单击并键入C Alkene。

　　4.按ENTER。

　　更改建筑物类型和结合顺序以反映新模型。 您可以指向原子和键以显示此新信息

　　分配建筑物类型

　　建立模型的最简单方法是允许ChemBio3D 14.0在构建时将构建类型分配给原子。

　　要允许在构建时分配建筑类型：

　　1.转到文件>模型设置。 出现“模型设置”对话框。

　　2.在“模型设置”对话框中，选择“模型构建”选项卡。

　　3.选中正确的建筑物类型复选框。

　　4.单击确定。

　　如果选中了“正确的建筑物类型”复选框，则在添加，删除或替换原子或键时将更正建筑物类型。

　　例：

　　1.建立一个甲烷模型，如下所示：

　　2.单击从文本生成工具。

　　3.单击氢原子。 出现一个文本框，如下所示：

　　4.在文本框中键入C，然后按Enter。

　　如果选中了正确的建筑物类型复选框，则会显示以下数字：

　　如果未选中“正确的建筑物类型”复选框，则会显示以下数字：

　　如上例所示，当分配了建筑物类型并替换了原子时，ChemBio3D尝试通过将有关原子的信息（例如其符号和键数）与原子类型中的每个记录进行比较，来为每个原子分配最佳类型。 表。

　　此外，当您将一种类型的原子替换为另一种不同类型的原子时，先前存在的原子的构造类型可能会发生变化。

　　定义建筑物类型

　　在少数情况下，您可能想定义自己的建筑物类型，是添加到建筑物类型表中进行构建还是添加到文件格式解释器中以进行导入。

　　要定义自己的建筑物类型：

　　1.转到“视图”>“参数表”>“ Chem3D建筑原子类型”。 Chem3D建筑原子类型表在窗口中打开。

　　2.要编辑建筑物类型，请单击要更改的单元格，然后键入新信息。

　　3.在表的每个字段中输入适当的数据。 请确保该参数的名称在表中的其他地方不重复。

　　4.关闭并保存表。 现在，您可以使用新定义的建筑物类型。